Yazar "Özbek, Erdal" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 20
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Acute necrotizing pancreatitis and coronavirus disease-2019 (COVID-19)(NLM (Medline), 2021) Aday, Ulaş; Gedik, Ercan; Kafadar, Mehmet Tolga; Özbek, ErdalCoronavirus disease-19 (COVID-19) is caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV- 2) and has resulted in increased mortality worldwide. Several studies have identified the involvement of the gastrointestinal tract, respiratory tract, and other tissues. Although it has been reported that the angiotensin-converting enzyme-2 receptor affected by SARS-CoV is expressed more in the pancreas than in the lungs, the issue regarding the occurrence of pancreatitis is controversial. SARS Cov-2 rarely causes acute necrotizing pancreatitis without significantly affecting the respiratory and other systems. This paper presents a patient who underwent laparotomy due to acute necrotizing pancreatitis and hemodynamic instability caused by COVID-19 without any known risk factors.Öğe Anaerop Bakteriler; İzolasyon, İdentifikasyon, Yeni Türlerin Oluşturduğu Hastalıklar(2024) Özbek, Erdal; Atmaca, SelahattinAnaerob bakterilerin izolasyon ve identifikasyonunda kullanılan yeni teknolojik gelişmeler bu bakterilere ilgiyi artırsa da ülkemizde hala tıbbi mikrobiyoloji laboratuvarlarında bu bakteri grubu yeterli ilgiyi görmemektedir. Laboratuvara getirdiği fazla iş yükü, konu ile ilgili ara eleman eksikliği ve klinik yaklaşımda etiyolojisinde anaerob bakteri düşünülen enfeksiyonlarda ampirik tedavi yaklaşımı bu ilgisizliğin sebepleri arasında sayılabilir. Dünyada ve ülkemizde anaerob bakteri laboratuvarlarında süre gelen bir standardizasyon sorunu mevcuttur. Anaerob bakterilerin identifikasyonunda matriks yardımlı laser desorbsiyon/iyonizasyon kütle spektrometresi (MALDI-TOF/MS) yönteminin son yıllarda rutin laboratuvarlarda kullanıma girmesiyle birlikte anaerop bakterilerin tanımlanması kolaylaşmış ve sistemin kullanıldığı yerlerde standardizasyona katkı sağlamıştır. Ancak sınırlı ekonomik koşulların getirdiği zorluklar nedeniyle bu teknik yeterince yaygınlaşmamıştır. Bu nedenle anaerob bakteri laboratuvarlarında standardizasyon hala önemli bir sorun olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu derlemede; Anaerop bakteriyoloji laboratuvarında standardizasyona katkı sağlanması amacıyla, anaerob bakteri şüpheli materyallerin laboratuvara taşınması, izolasyon ve identifikasyon aşamalarında dikkat edilmesi gereken ve kabul gören kuralları özetlenmiş, anaerob bakteri izolasyonun ve identifikasyonunda kullanılan teknikler basitten karmaşığa doğru karşılaştırılarak özetlenmiştir. Ayrıca, kommensal mikrobiyotanın üyesi olan anaerob bakterilerden bilhassa yeni tanımlanan cins ve türlerin güncel klinik çalışmalarda ortaya çıkan özelliklerinin sunulması amaçlanmıştır.Öğe Bir pediatrik yoğun bakım ünitesinde atipik pnömoni ön tanısı ile takip edilen hastalarda patojen dağılımının direkt ve indirekt immünoflöresan mikroskopisi ile incelenmesi(Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2022) Talay, Mehmet Nur; Özbek, ErdalGiriş: Alt solunum yolu enfeksiyonları, özellikle yaşamın ilk beş yılında ciddi hastalık ve ölüm nedenlerinden biridir. Bu enfeksiyonlar arasında başta virüsler olmak üzere bazı bakteri ve parazitlerin neden olabileceği atipik pnömoniler oldukça önemli bir yere sahiptir. Amaç: Çocuk yoğun bakım ünitesinde yatan hastalarda atipik pnömoni tanısı ile yatan hastalarda etken mikroorganizmaların dağılımının direkt ve indirekt immünofloresan yöntemleri kullanılarak araştırılması amaçlandı. Yöntemler: 1 Ocak 2018 ile 31 Aralık 2018 tarihleri arasında çocuk yoğun bakım ünitesinde atipik pnömoni tanısı ile takip edilen 86 hasta çalışmaya dahil edildi. Bu hastaların solunum yolu örneklerinde viral antijenler direkt immünofloresan yöntemi ile araştırıldı. 65 hastanın serum örneklerinde IgM ve IgG antikorları araştırıldı. Bulgular: Olguların yaş ortalaması 8±4 ay idi. Takip edilen 86 olgudan incelenen testlerde toplam 104 pozitiflik tespit edildi. En sık solunum sinsityal virüsü 35 (%40,7) izlendi.Olgular en sık Ocak (%15,17,4), Şubat (%27,%31,4), Mart (%14,16,3) ve Aralık (%13,15,12) aylarında görüldü. Sonuç: Atipik pnömonilerde etkene yönelik etken madde kullanımını ve gereksiz antibiyotik kullanımını önlemek için virüslerin çok yüksek oranda etken madde olması nedeniyle etiyolojik tanının önemi vurgulanmıştır.Öğe Çiğ köftenin yaygın tüketildiği Şanlıurfa ilinde kadınlarda toxoplasma gondii seroprevalansı(2007) Özbek, Erdal; Tekay, Fikretİnsan dahil bütün memelileri ve bütün kuşları enfekte edebilen Toxoplasma gondii dünyada yaygın olarak bulunan zorunlu hücre içi parazitidir. Prevalansı yaşam tarzına, yiyecek alışkanlığına, evde kedi besleme durumuna ve coğrafik konuma bağlı olarak farklılık gösterir. Bu çalışma çiğ köfte ile özdeşleşen Şanlıurfa'da Toxoplasma gondii seropozitifliğini saptamak amacı ile yapılmıştır. 1 Ocak - 30 Haziran 2006 tarihleri arasında Toxoplasma gondii IgM ve IgG istemi ile laboratuarımıza gönderilen kan örnekleri sonuçları retrospektif olarak incelendi. Tümü kadın olan hastalardan alınan 2.586 kan örneği “chemiluminescence immunoassay” yöntemi ile çalışıldı. Toxoplasma IgM pozitifliği %3,0 (78/2.586) Toxoplasma IgG pozitifliği %69,5 (1.798/2.586) olarak saptandı. Total anti-Toxoplasma pozitifliği %69,6 (1.801/2.586) ve total anti-Toxoplasma negatifliği %30,4 (785/2.586) olarak tespit edildi. Türkiye'de yüksek seropozitiflik oranları daha çok Güneydoğu Anadolu bölgesinden bildirilmiş olup çalışmamızda saptadığımız %69,6 oranı şimdiye kadar bildirilen en yüksek oran gibi gözükmektedir. Çiğ köfte ilimiz başta olmak üzere bölgemizde severek tüketilen bir yiyecektir ve yapımında kullanılan çiğ et Toxoplasma gondii doku kisti açısından büyük bir risk taşır. Yüksek seropozitiflik oranından bunun sorumlu olduğunu düşünmekteyiz.Öğe Colistin use in critically ill neonates: A case–control study(Elsevier (Singapore) Pte Ltd, 2017) İpek, Mehmet Şah; Aktar, Fesih; Okur, Nilufer; Çelik, Muhittin; Özbek, ErdalBackground The aim of this study was to assess the safety and efficacy of colistin use in critically ill neonates. Methods This was a case–control study that included newborn infants with proven or suspected nosocomial infections between January 2012 and October 2015, at two centers in Diyarbakir, Turkey. The clinical and laboratory characteristics and outcomes of patients who received colistin therapy were reviewed and compared to patients who were treated with antimicrobial agents other than colistin during the same period. Results Forty-seven cases who received intravenous colistin (colistin group) and 59 control patients (control group) were included. There were no significant differences between the groups regarding outcomes and nephrotoxicity, including acute renal failure. Colistin therapy was associated with significantly reduced serum magnesium (1.38 ± 0.39 mg/dL vs. 1.96 ± 0.39 mg/dL, p < 0.001) and hypokalemia (46.8% vs. 25.4%, p = 0.026). The patients who received colistin also had longer hospital stays (43 (32–70) days vs. 39 (28–55) days, p = 0.047), a higher rate of previous carbapenem exposure (40.4% vs. 11.9%, p = 0.001), and a higher age at the onset of infection (13 (10–21) days vs. 11 (9–15) days, p = 0.03). Conclusion This study showed that colistin was both effective and safe for treating neonatal infections caused by multidrug-resistant gram-negative bacteria. However, intravenous colistin use was significantly associated with hypomagnesemia and hypokalemia.Öğe Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde bruselloz seroprevalansı: Rose Bengal Testi ve Brucella Coombs Test sonuçları(Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2022) Temiz, Hakan; Özcan, Nida; Araç, Eşref; Özbek, ErdalAmaç: Bruselloz dünyanın birçok ülkesinde ve ülkemizde en yaygın görülen zoonotik hastalıklardan biridir. Bu çalışmada; 2021 yılı içerisinde hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına çeşitli klinik ve polikliniklerden bruselloz şüphesi ile gönderilen hasta serum örneklerinde çalışılan RoseBengal Testi (RBT)ve BrucellaCoombs Testi (BCT) aglütinasyon titrelerinin, bölgemizdeki bruselloz seroprevalansını belirlemek için retrospektif olarak irdelenmesi amaçlanmıştır. Yöntemler: Hastalardan serolojik testlerde kullanılmak üzere kan örnekleri alındıktan sonra serumları ayrıldı. Tarama testi olarak RoseBengal lam aglütinasyon testi kullanılmıştır. Tarama testi pozitif bulunan hasta serumlarına, Brucella immuncapture aglütinasyon testleri uygulanmıştır. Çalışmamızda uygulanan testlerde, BCT yöntemiyle 1/320 ve üzeri bulunan titreler pozitif olarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmada değerlendirilen 5.196 bruselloz şüpheli hasta örneğinden; RBT pozitif olan 336 (%6,5) hasta bulunmuştur. RBT pozitif olan serumların 257 tanesinin (%76,5) BCT titresi 1/320 ve üzerinde pozitif olarak saptanmıştır. BCT seropozitifliği %62,2 oranında en sık 20-50 yaş grubunda görülmüştür. BCTseropozitifliğinin hastanın başvurduğu kliniğe göre dağılımında ise en sık başvuru yapılan klinik %47,6 oranında enfeksiyon hastalıkları polikliniği idi. BCT seropozitif serumların 176’sı (%52,4) kadın, 160’ı (%47,6) ise erkek hastalara aitti. Sonuç: Bruselloz, fakültatif intrasellüler bakterilerle ortaya çıktığından birçok organ ve sistemi etkileyebilmektedir. Hastalığın tanısında kültür altın standart olmakla birlikte serolojik testler de sıklıkla kullanılmaktadır. Bu çalışma ile elde edilen retrospektif veriler doğrultusunda hastanemizde bruselloz seroprevalansı %5 olarak saptanmıştır. Bu çalışmada serolojik test sonuçlarını değerlendirerek bölgesel verilerin oluşturulmasında katkı yarattığımızı düşünmekteyiz.Öğe Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde HBsAg, Anti-HCV, Anti-HIV Seroprevalansı ve Hepatit B Bağışıklığının Değerlendirilmesi(2024) Temiz, Hakan; Özcan, Nida; Araç, Eşref; Akkoç, Hasan; Özbek, ErdalAmaç: Ülkemizde kronik karaciğer hastalığının en sık nedeni hepatit B virüs (HBV) ve hepatit C virüs (HCV) enfeksiyonlarına bağlı kronik viral hepatitlerdir. İnsan immünyetmezlik virüsü (HIV, Human Immunodeficiency Virus) enfeksiyonu, toplumun tüm kesimlerini etkileyebilmesi, sağlıklı yaşam süresini kısaltabilmesi ve kişiden kişiye bulaşarak yayılabilmesi nedeniyle önemli bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir. Bu çalış- mada; 2021 yılı içerisinde hastanemiz mikrobiyoloji laboratuarına çeşitli klinik ve polikliniklerden gönderilen hasta serum örneklerinde çalışılan rutin hepatit ve HIV seroloji testleri sonuçlarının retrospektif olarak irdelenmesi sonucunda, test sonuçlarının değerlendirerek güncel bölgesel verilerin oluşturulmasında, korunma önlemlerinin alınmasında ve risk altında olan sağlık personellerinin bilinçlendirilmesinde katkı yaratmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Hepatit B yüzey antijeni (HBsAg), HCV antikoru (Anti-HCV) ve HIV antikoru (Anti-HIV) ve Hepatit B yüzey antikoru (Anti- HBs) testleri; elektrokemiluminesans immünoassay yöntemi kullanılarak Cobas e601 cihazında (Roche Diagnostics, Almanya) çalışıldı. Anti-HIV testinde, sınır değer ve reaktif çıkan sonuçlar Ulusal HIV-AIDS Doğrulama Referans Merkezine gönderilerek doğrulama testi yapıldı. Bulgular: Çalışmada HBsAg için gönderilen 10.003 örneğin 533’ü (%5,3), Anti-HCV için değerlendirilen 9.996 örneğin105’i (%1,1) ve Anti-HBs test edilen 9.994 örneğin 4.260’ı (%42,6) seropozitifti. Anti-HIV için gönderilen 9.952 örneğin 133’ü (%1,3) reaktifti ve yapılan doğrulama testleri sonucunda 72 örnekte (%0,7) pozitiflik saptandı. Sonuç: HBV, HCV ve HIV enfeksiyonlarından korunmada toplumsal farkındalığın artırılması ile bu enfeksiyonların risk gruplarının taranmasının sürekliliği sağlanmalıdır.Öğe Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına başvuran hastalarda dermatofitoz etkenleri(2006) Topçu, Mehmet; Mete, Mahmut; Gedik, Murat; Tekay, Fikret; Özekinci, Tuncer; Özbek, ErdalDicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na dermatofitoz ön tanısı ile gönderilen 538 hastadan alınan örnekler direkt mikroskobi ve kültür yöntemleriyle incelendi. Direkt mikroskopik incelemede mantar görülen 106 hastanın 75’sinde (%70,6) dermatofit soyutlandı, 31’inde (%29,3) dermatofit soyutlanmadı. Dermatofitler arasında en sık Trichophyton rubrum (%69,2) soyutlandı. Bunu Trichophyton mentagrophytes (%8,0) ve Trichophyton violaceum (%8,0) izledi. Sonuç olarak, bulgularımız yurdumuzda yapılan diğer çalışmalara benzer olarak bulunmuştur. Ayrıca dermatofitoz etkenleri araştırılırken direkt mikroskobi ve kültür yöntemlerinin birlikte kullanılmasının gerekli olduğu sonucuna varılmıştır.Öğe Diyarbakır ilindeki gebe kadınlarda Toksoplazma, Rubella ve Sitomegalovirus seroprevalansı(Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2019) Obut, Mehmet; Doğan, Yasemin; Bademkıran, Muhammed Hanifi; Akgöl, Sedat; Kahveci, Bekir; Peker, Nurullah; Uzundere, Osman; Kaçar, Cem Kıvılcım; Özbek, Erdal; Gül, TalipAmaç: Bu çalışmada; gebelerde, Toxoplasma gondii, Rubella virüs ve Cytomegalovirus infeksiyonlarının bölgemizdeki seroprevalanslarının belirlemesi amaçlanmıştır. Yöntemler: Bu çalışmada hastanemize Eylül 2016 ile Haziran 2018 tarihleri arasında kadın hastalıkları ve doğum polikliniklerine ilk prenatal vizite gelen 18-45 yaş arası gebeler dahil edildi. Bu hastalardan Toxoplasma gondii, Rubella ve Cytomegalovirus virüs serolojisi çalışılanların test sonuçları retrospektif olarak incelendi. Bulgular: Toxoplasma gondii antikorları açısından 8175 hastanın 2853’ inde (%34,9) anti toksoplazma gondii IgG antikorları, 91’ inde (%1,1) anti Toxoplasma gondii IgM antikorları pozitif olarak saptandı. Cytomegalovirus antikorları açısından 2797 hastanın 2775’ inde (%99,2) anti Cytomegalovirus IgG, 20’ sinde (%0,7) anti Cytomegalovirus IgM pozitif olarak saptandı. Rubella virüs antikorları açısından 8158 hastanın 7677’ sinde (%94,1) anti Rubellavirus IgG, 5’ inde (%0,1) anti Rubellavirus IgM pozitif olarak saptandı. Sonuç: Bu çalışmada hastanemize başvuran gebelerin çoğunun toksoplazma seronegatif (%65,1) olduğu tespit edildi. Rubella seroprevalansı (%94,1) Türkiye verileri ile uyumludur. Gebelerin Cytomegalovirus seroprevalansı için seropozitiflik oranı (%99,2) dünya verileri ile uyumludur.Öğe Gastroözefageal darlığı ve gelişme geriliği olan çocuk hastada pantoea agglomerans bakteriyemisi: Olgu sunumu(Bilimsel Tıp Yayınevi, 2021) Çelik, Muhammet; Özbek, Erdal; Uzuner, Nurullah; Kangül, Handan; Özalp, Hande GizemPantoea agglomerans, Enterobacterales ailesi içinde yer alan gram-negatif bir basildir. Pantoea cinsi içerisindeki 20 türden en öne çıkanı olan ve başlangıçta bitki patojeni olarak bilinen P. agglomerans’ın nadiren insanları da infekte edebildiği görülmüştür. Literatürde P. agglomerans'ın bağışıklığı zayıf yetişkinlerde ve özellikle çocuklarda düşük virülanslı bir patojen olduğu gösterilmiştir. Hastalarda fırsatçı bir patojen olarak yara, kan ve idrar yolu infeksiyonlarına neden olabildiği bildirilmiştir. Farklı ülkelerden münferit olguların yanı sıra ilk salgın raporu 1970-1971 yılları arasında ABD’den bildirilmiştir ve daha yakın bir tarihte 2005 yılında Malezya'da bir yenidoğan yoğun bakımından salgın raporu bildirilmiştir. Bazı çalışmalarda gastroözefageal bir hastalığı bulunan kişilerle P. agglomerans bakte riyemisinin arasında güçlü bir ilişki bulunduğu gösterilmiştir. Literatürde ülkemizde gastroözefageal hastalığa bağlı olarak bildirilen P. agglomerans vakasına rastlanmamıştır. Bu yazıda gastroözefageal darlığı ve gelişim geriliği bulunan çocuk hastada P. agglomerans’ın neden olduğu nadir bir bakteriyemi olgusu sunulacaktır.Öğe Güneydoğu Anadolu'da bir Eğitim ve Araştırma hastanesine başvuran hastalarda hepatit A seroprevalansı(2015) Onur, Arzu; Toprak, Serdar Ferit; Temiz, Hakan; Ertuğrul, Sabahattin; Özbek, ErdalAmaç: Bu çalışmada; Diyarbakır Gazi Yaşargil Eğitim ve Araştırma Hastanesine başvuran hastalarda Hepatit A virüsü seroprevalansı yaş gruplarına göre retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Yöntemler: Bu çalışmada, Ocak 2010 ve Aralık 2014 tarihleri arasında hastanemize çeşitli sebeplerle başvuran ve Anti HAV IgG ve Anti HAV IgM testleri çalışılan hastaların sonuçları değerlendirilmiştir. HAV IgG ve HAV IgM antikorları kemilüminesans immün yöntem ile Advia Centaur XP (Siemens, Almanya) cihazında üretici talimatları izlenerek çalışılmıştır. Bulgular: Örneklerin %97,30unda Anti HAV IgG pozitifliği ve %0,87sinde Anti HAV IgM pozitifliği saptanmıştır. Anti HAV IgM pozitifliği 0-10 yaşta %10 ve 11-20 yaş grubunda ise %3,09 oranında tespit edilmiştir. Yaş ilerledikçe hastalığın görülme sıklığının azaldığı ve birçoğunun çocukluk döneminde hastalıkla karşılaşıp bağışıklık kazandığı saptanmıştır. Sonuç: Sonuç olarak, bu çalışma ile ilimizin en büyük hastanesinde HAV seroprevalans verilerini saptadık. Bu bilgiler ışığında; önleyici tedbirler, aşılama programı çalış- maları ve aşı etkinliğinin tespitine katkı sağlayacağımızı düşünüyoruz.Öğe Güneydoğu Anadolu’da bir eğitim ve araştırma hastanesine başvuran hastalarda hepatit A seroprevalansı(Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2015) Temiz, Hakan; Özbek, Erdal; Toprak, Serdar Ferit; Onur, Arzu; Ertuğrul, SabahattinAmaç: Bu çalışmada; Diyarbakır Gazi Yaşargil Eğitim ve Araştırma Hastanesi’ne başvuran hastalarda Hepatit A virüsü seroprevalansı yaş gruplarına göre retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Yöntemler: Bu çalışmada, Ocak 2010 ve Aralık 2014 tarihleri arasında hastanemize çeşitli sebeplerle başvuran ve Anti HAV IgG ve Anti HAV IgM testleri çalışılan hastaların sonuçları değerlendirilmiştir. HAV IgG ve HAV IgM antikorları kemilüminesans immün yöntem ile Advia Centaur XP (Siemens, Almanya) cihazında üretici talimatları izlenerek çalışılmıştır. Bulgular: Örneklerin %97,30’unda Anti HAV IgG pozitifliği ve %0,87’sinde Anti HAV IgM pozitifliği saptanmıştır. Anti HAV IgM pozitifliği 0-10 yaşta %10 ve 11-20 yaş grubunda ise %3,09 oranında tespit edilmiştir. Yaş ilerledikçe hastalığın görülme sıklığının azaldığı ve birçoğunun çocukluk döneminde hastalıkla karşılaşıp bağışıklık kazandığı saptanmıştır. Sonuç: Sonuç olarak, bu çalışma ile ilimizin en büyük hastanesinde HAV seroprevalans verilerini saptadık. Bu bilgiler ışığında; önleyici tedbirler, aşılama programı çalışmaları ve aşı etkinliğinin tespitine katkı sağlayacağımızı düşünüyoruz.Öğe Investigation of precore/core mutation of Hepatitis B virus with line probe immune assay method(SCI Printers & Publication INC, 2021) Özbek, Erdal; Temiz, Hakan; Özcan, Nida; Özekinci, TuncerOBJECTIVE: The expression of hepatitis B e antigen (HBeAg) is reduced or totally inhibited as a result of mutations in the precore/core region of the hepatitis B virus (HBV) genome, but its clinical significance has not been yet fully understood. In this study, we aimed to investigate precore/core mutation in serum samples of patients followed with a chronic hepatitis B infection diagnosis and whose HBeAg was found to be negative on ELISA test. STUDY DESIGN: Among the chronic hepatitis B pa-tients followed in our hospital, serum samples of 111 patients with HBeAg negative were included in the study. In the serums of the patients whose HBV DNA were found positive with real-time PCR assay were investigated ''precore, core" mutations with the INNO-LiPA method. RESULTS: HBV DNA was detected as positive in 93 serum samples. In 42 of those 93 (45.2%) serums, pre- core/core mutations were detected. Isolated precore mu-tation in 12 cases (12.9%), isolated core mutation in 9 cases (9.7%), and both precore and core mutations in 21 cases (22.6%) were found. CONCLUSION: Mutant strains may play an important role in becoming chronic, hepato-carcinogenesis, and in the development of fulminant hepatitis or asymptomatic course. Until valid results are obtained revealing the otherwise, it must be kept in mind that there might be a risk factor of the nucleotide changes in the core re-gion associated with the activation of hepatitis B.Öğe Kan kültürlerinden izole edilen Serratia spp. türlerinin diğer bakterilere oranı ve direnç profilleri(Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2022) Özcan, Nida; Atmaca, Selahattin; Özbek, ErdalAmaç: Serratia cinsi bakteriler, özellikle Serratia marcescens, son elli yılda önemli hastane enfeksiyonu etkenleri arasına girmiştir. Çocuk hastalar başta olmak üzere yoğun bakım ünitelerinde takip edilen hastalarda sporadik olgu veya salgınlara neden olan bu etkenler hakkında sınırlı sayıda yayın bulunmaktadır. Bu çalışma ile kan kültürlerinde Serratia cinsi bakterilerin saptanma oranları ve antibiyotik direnç profillerinin araştı rılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2015-2020 yılları arasında Dicle Üniversitesi Hastanesi klinikleri ve yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü örnekleri dahil edilmiştir. Kan kültürü örnekleri BD BACTEC FX (Becton Dickinson, ABD) sisteminde inkübe edilmiş, üreme sinyali sonrası %5 koyun kanlı agar (KKA) ve eozin metilen blue (EMB) agar besiyerine pasajlanmıştır. KKA ve EMB agar besiyerlerinde 16 -24 saat 35±2°C'de inkübasyon sonrası üreyen izolatlar MALDI Biotyper 3 (Bruker Daltonics, ABD) cihazı kullanılarak kütle spektrometrisi yöntemiyle cins ve/veya tür düzeyinde tanımlanmıştır. İzolatların antimikrobiyal duyarlılık testleri BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile çalışılmıştır. Bulgular: Altı yıllık süre zarfında kan kültürlerinden izole edilen toplam 9730 etkenin 69’u (%0.7) Serratia cinsi, bunlardan 58’i S. marcescens olarak tanımlanmıştır. Serratia spp. üreyen hastaların 37’sini (%54) çocuklar, 47’sini (%68) yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalar oluşturmuştur. İzolatların 20’sinde (%29) en az bir karbapeneme karşı direnç saptanırken Serratia türlerine karşı en etkili antibiyotiklerin sırasıyla %3, %4 ve %7 direnç oranları ile trimetoprim/sulfametoksazol, siprofloksasin ve amikasin olduğu görülmüştür. Sonuç: Serratia türleri altı yıllık zaman diliminde kan kültürlerinden binde yedi oranında izole edilmiş olup izolatlarda yüksek karbapenem direnci dikkat çekmektedir.Öğe Karbapenem Dirençli Enterobacterales Bakteri İzolatlarında Antibiyotik Duyarlılığı(2024) Kazar, Ahmet; Özbek, Erdal; Kaydaş, Serkan; Atmaca, SelahattinAmaç: Çalışmada, 2021 yılında laboratuvarımıza gelen farklı klinik ve poliklinik örneklerinden izole edilen karbapenem dirençli Enterobacterales (KDE)üyelerinin antibiyotik direnç durumlarının hastane ve toplumsal kökenli olmalarına göre araştırılması amaçlanmıştır. Yöntemler: Hastanelerimizin Merkez Laboratuvarında 2021 yılında izole edilen 2195 Enterobacterales üyesi bakteriden karbapenem direnci olan 185’i çalışmaya dahil edildi. Tür tanımlanması için Maldi-TOF Biotyper 3,1 (Bruker, Daltonics, ABD) ve Phoenix 100 (BD, ABD) otomatize sistemleri ile yapıldı. Antibiyotik duyarlılık testleri için Phoenix 100 (BD, ABD) otomatize sistemi kullanıldı. İzole edilen ve etken olarak tanımlanan bakterilerin antimikrobiyal duyarlılık durumları EUCAST 2020 kriterlerine göre değerlendirildi. Bulgular: İzolatların %56,3’ü E. coli, %28,7’si K. pneumoniae olarak tanımlanmıştır. İzolatların 185’inde (%8,4) karbapenem direnici tespit edilmiştir. K. pneumoniae izolatlarında karbapenem direnci %9 iken E. coli izolatlarında %4 bulunmuştur. Karbapenem dirençli 185 Enterobacterales izolatında, karbapenemler arasında en yüksek direnç ertapeneme (%94,6) karşı gözlenirken imipeneme %38,2, meropeneme ise %33,7 oranında direnç saptanmıştır. Hastane ve toplum kökenli izolatlarda ertapenem direnci sırasıyla %94,9 ile %93,9, imipenem direnci sırasıyla; %46,7 ve %22,2 meropenem direnci ise %42,9 ve %16,1 olarak tespit edilmiştir. Amikasin, karbapenem dirençli Enterobacterales izolatlarında en yüksek duyarlılık oranına (%80,5) sahip antibiyotik olarak belirlenmiştir. Sonuç: Bu çalışmada elde edilen veriler ile literatür sonuçlarıyla büyük oranda benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Çalışmamızda aminoglikozid grubu antibiyotiklerin etkinliği nedeniyle, KDE enfeksiyonu şüphesinde ampirik tedavide kullanılacak antibiyotik kombinasyonlarında aminoglikozid grubu antibiyotiklere yer verilmesinin uygun olacağı düşünülmüştür.Öğe Klebsiella İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Oranlarının Değerlendirilmesi(2015) Özekinci, Tuncer; Temiz, Hakan; Özbek, Erdal; Vural, Demet GürAmaç: Bu çalışmada, hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerinden soyutlanan Klebsiella izolatlarının antibiyotiklere direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İzole edilen Klebsiella cinsi bakterilerin çeşitli antibiyotiklere direnç oranları retrospektif olarak incelenmiştir. Çalışmaya, 2012-2014 yılları arasında, çeşitli klinik örneklerde üreyen ve etken olarak kabul edilen 507 adet Klebsiella cinsi bakteri alınmıştır. İzole edilen mikroorganizmaların tanımlanmaları ve antibiyotik duyarlılık testleri VITEK 2 ID-AST (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır ve sonuçlar "Clinical and Laboratory Standards Institute" standartlarına göre yorumlanmıştır. Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen 507 Klebsiella izolatının 479'unun (%94.5) Klebsiella pneumoniae, 28'inin (%5.5) Klebsiella oxytoca olduğu saptanmıştır. Elde edilen izolatlar; sıklık sırasıyla 208'i (%41) idrar, 121'i (%23.9) kan, 83'ü (%16.4) trakeal aspirat, 76'sı (%15) yara ve 19'u (%3.7) diğer klinik örneklerinden izole edilmiştir. Beş yüz yedi adet Klebsiella izolatların 330'unda (%65.1) GSBL üretimi saptanmıştır. GSBL üreten ve üretmeyen izolatlarda in-vitro en etkili antimikrobiyaller her iki tür için amikasin ve imipenem olarak bulunmuştur. GSBL üreten K. pneumoniae izolatlarında amikasin direnci %18 oranında, imipenem direnci ise %23.5 oranında saptanmıştır.Sonuç: Tüm merkezler kendi etken ve direnç profilini saptayarak uygun antibiyotik politikalarını oluşturmalı ve profilaktik tedaviler için yol gösterici olan güncel bilgileri takip etmelidirlerÖğe Latent tüberküloz infeksiyonunun tanısında tüberkülin deri testi ile spesifik T hücre temelli bir test olan T-Spot™.TB yönteminin karşılaştırılması(2017) Özbek, Erdal; Özekinci, TuncerTüberküloz infeksiyonun epidemiyolojisinde, LTBI’ nun önemi çok büyüktür çünkü LTBI’ luların yaklaşık %10’unda hayatlarının bir döneminde aktif tüberküloz hastalığı gelişmektedir. Ancak; LTBI’ nun tanısında, yüzyılı aşkın bir süredir kayda değer bir gelişme meydana gelmemiştir. Tanıda duyarlılığı, özgüllüğü ve yorumlanması halen daha tartışmalı olan TDT kullanılmaktadır. Yakın zamanda tanımlanan, M. tuberculosis’in RD1 gen bölgesinde kodlanan spesfik antijenlere karşı oluşan immun yanıt ile ilgili çalışmalarda umut verici sonuçlar elde edilmektedir. Çalışmamızda; RD1 gen bölgesinden elde edilen ESAT-6, CFP-10 proteinlerine karşı immun yanıtla oluşan IFN?, ELISPOT yöntemiyle araştırılmıştır. Bu amaçla, “T-SPOT™ .TB” (Oxford ?mmunotec Ltd. Oxon/England) ticari kitleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar aynı deneklere uygulanan TDT sonuçlarıyla kıyaslanmıştır. Çalışmamızda tüberküloz infeksiyonu tanısında, T-SPOT™.TB testinin TDT’ den anlamlı olarak, daha duyarlı (%92.9, %78.6) ve özgül (%89.3, %46.4) olduğu saptandı. Risk gruplarında BCG ile TDT arasındaki uyum (%57.4), BCG ile T-SPOT™.TB arasındaki uyumdan (%27.0) daha yüksek bulundu. Testler arasındaki en yüksek uyum, aktif akciğer tüberkülozlu olguların bulunduğu Grup 1’de %85.7 (K= 0.681, p<0.001)) olarak saptandı. Grup 3’te her iki testin arasında, düşük oranda (%63.6(K= 0.305, p=0.006)) uyum olmasına rağmen, Grup 2’den (%53.6 (K= 0.011, p>0.05)) anlamlı olarak daha yüksek olarak saptandı. Sonuç olarak; ülkemizde olduğu gibi aşılamanın rutin olarak yapıldığı ülkelerde; TDT ile birlikte ve/veya TDT’ nin doğrulanması amacıyla uygulanabileceği, yüksek risk gruplarında TDT ile BCG arasındaki pozitif uyumun (%41.0) yüksek olması nedeniyle, TSPOT™.TB testinin yapılmasının uygun olacağı, klinik olarak tüberküloz düşünülen ancak direk mikrobiyolojik yöntemlerle (Direkt mikroskobi, kültür) tanı konulamayan vakalarda yüksek duyarlılığı ve özgüllüğü nedeniyle tanıda faydalanılabileceği, düşünülmüştür.Öğe The ratio and antibiotic resistance profiles of Serratia species among other causative bacteria isolated from blood cultures between 2015 and 2020(Oxford University Press, 2022) Özcan, Nida; Atmaca, Selahattin; Özbek, ErdalBackground: Serratia spp., especially Serratia marcescens, have become one of the main drug-resistant causes of hospital infections in the last five decades. 1 There are a limited number of publications on Serratia spp., which cause sporadic infections or outbreaks in ICU patients, especially paediatric patients. 2 S. marcescens was reported to have intrinsic resistance to many β-lactam antibiotics, tetracyclines and polymyxinsÖğe Role of vitamin D, folic acid, ferritin, inflammation and oxidative stress in the pathogenesis of COVID-19(Mattioli 1885, 2022) Unsal, Velid; Sabancılar, İlhan; Özbek, Erdal; Mermutluoğlu, Çiğdem; Temiz, HakanThe COVID-19 pandemic is one of the most devastating and significant events of recent times. COVID-19 has so far become one of the worst infectious disease outbreaks of recent times, with more than 635 million cases and more than 6.6 million deaths. Viruses cause an explosion of inflammatory cytokines and reactive oxygen types. Oxidative stress is thought to have a key role in COVID-19. vitamin D, folic acid, calcium (Ca), magnesium (Mg) and ferritin levels are thought to be associated with COVID-19. This study aims to investigate the role of oxidative stress, inflammation, vitamin D and folic acid, ferritin, Ca and Mg in the pathogenesis of COVID-19. Materials and Methods: 45 patients diagnosed with COVID-19 and 45 healthy persons (control group) were included in the study. Vitamin D, ferritin, folic acid, CRP, Ca, Mg and Phosphorus were measured in an autoanalyzer, and SOD, GSH-Px and MDA were spectrophotometrically measured in the serum of the participants. TNF-α, IL-1β and IL6 levels were studied by the ELISA method. Results: The activity of SOD, GSH-px, antioxidant enzymes, Serum vitamin D, folic acid, Ca and Mg of the COVID-19 group was found to be significantly lower than the control group (p<0.05). Conclusion: Again, the levels of MDA, TNF-α, IL-1β, IL-6, CRP and ferritin in the Covid-19 group were found to be significantly higher than in the control group (p<0.05).Antioxidant enzyme activities were low and oxidative stress was high in patients with COVID-19. At the same time, the levels of serum ferritin, CRP, TNF-α, IL-1β and IL6 were high, and levels of Ca and Mg were low in patients with COVID-19.According to these results, we hypothesize think that the level of oxidative stress, inflammation, vitamin D, and serum ferritin, Ca, and Mg levels play a role in the pathogenesis of COVID-19. Future clinical trials should be conducted to further clarify the pathogenesis in patients with COVID-19.Öğe Seroprevalence of francisella tularensis in patients with neck mass complaints(İzzet Baysal Eğitim Araştırma Hastanesi, 2023) Toprak, Serdar Ferit; Ayral, Muhammed; Dedeoğlu, Serkan; Özbek, Erdal; Temiz, HakanBackground: Tularemia is a zoonotic disease endemic in the northern hemisphere. The causative agent of the disease is Francisella tularensis. F.tularensis is endemic in Turkey, predominantly in the Marmara and Black Sea regions, and causes small outbreaks. This study aimed to investigate the seroprevalence of F.tularensis in patients admitted to the Otorhinolaryngology outpatient clinic with the complaint of neck mass by using two different methods. Methods: Serum samples were collected from patients who were admitted to the Otorhinolaryngology outpatient clinic of Dicle University Faculty of Medicine Hospitals between January 2021 and December 2021 with the complaint of neck mass. A commercially available immunochromatographic lateral flow test (ICT) and a single-assay chemiluminescence test (CHT) were used to detect F.tularensis antibodies. Rose-Bengal test was performed on all sera to determine cross-reactions with antibodies produced in brucellosis. Brucella immunocapture agglutination tests (BCT) were performed on the sera of patients with positive screening tests. Results: The ages of patients diagnosed with neck mass ranged between 14–70 years, with a mean age of 44.5±12.1 years. Sixty two (62%) of the patients were male, and 38 (38%) were female. When the test results were evaluated, two sera were positive for F.tularensis by both ICT and CHT methods. The first serum tests were negative for Brucella. The titer of the second serum in the chemiluminescence test was low positive. Conclusion: Tularemia should be considered in the differential diagnosis of patients presenting with neck mass complaints, especially in patients living in rural areas, and specific diagnostic tests should be performed. In addition, a more comprehensive seroprevalence study supported by molecular testing techniques to be conducted in Diyarbakır will provide clearer data on the extent to which tularemia affects our region and which subspecies is the causative agent.
