Docking studies of natural product derived carvacrol type aromatic monoterpenes against COVID-19 and comparison with used synthetic drugs: Potential of carvacryl acetate against SARS-CoV-2 (COVID-19)

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0001-6836-7667en_US
dc.authorid0000-0002-2193-8386en_US
dc.authorid0000-0002-0988-9462en_US
dc.authorid0000-0002-8663-4826en_US
dc.authorid0000-0001-8319-9307en_US
dc.contributor.authorKocakaya, Şafak Özhan
dc.contributor.authorErtaş, Abdulselam
dc.contributor.authorYener, İsmail
dc.contributor.authorArıca, Enes
dc.contributor.authorDinçel, Demet
dc.date.accessioned2023-06-16T13:26:53Z
dc.date.available2023-06-16T13:26:53Z
dc.date.issued2023en_US
dc.departmentDicle Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümüen_US
dc.description.abstractThe COVID-19 pandemic that broken out in 2020 is becoming more worrying for the world. Although there is no 100 % success against COVID-19, certain synthetic drugs are currently used despite various side effects. Therefore, studies on the discovery of new treatment alternatives come to the fore. Studies so far show that natural products are still important resources for the discovery of new therapeutic agents. Plantderived essential oils are complex volatiles composed of various phytochemicals, mostly containing compounds such as sesquiterpenes, monoterpenes, and phenylpropanoids. In this study, especially thymol and carvacrol compounds specific to the Lamiaceae (Labiate) family and aromatic monoterpenes derived from these compounds were modeled against COVID-19. Results were compared with remdesivir, hydroxychloroquine, and favipiravir used as synthetic drugs. Dock and molecular dynamics simulations analyzed these molecules’ potential inhibitor efficiency of the SARS-CoV2 Mpro . Lipinski parameters and Docking results were demonstrated that ligands carvacrol (2), carvacryl acetate (11) and cuminaldehyde (12) are potential inhibitors towardsCOVID-19. According to the results, it is seen that medicinal aromatic herbs, which contain these volatile components with the fewer side effects than synthetic drugs, have the potential to be used as supplements in the pharmaceutical industry.en_US
dc.description.abstract2020 yılında baş gösteren COVID-19 pandemisi giderek Dünya için daha endişe verici hal almaktadır. COVİD-19’a karşı %100 başarı alınamasa da şuan çeşitli yan etkilerine rağmen belli sentetik ilaçlar kullanılmaktadır. Bu nedenle, yeni tedavi alternatiflerinin keşfi ile ilgili çalışmalar ön plana çıkmaktadır. Şimdiye kadar yapılan çalışmalar doğal ürünlerin, yeni terapötik ajanların keşfi için hala önemli kaynaklar olduğunu göstermektedir. Bitki türevi uçucu yağlar, çeşitli fitokimyasallardan oluşan karmaşık uçucular olup, daha çok monoterpenler, seskiterpenler ve fenilpropanoidler vb. bileşikleri ihtiva eder. Bu çalışmada özellikle Labiate familyasına özgü timol ve karvakrol bileşikleri ile bu bileşiklerin türevi aromatik monoterpenlerin COVİD19’a karşı moleküller modellemeleri yapılmıştır. Sonuçlar sentetik ilaç olarak kullanılan remdesivir, hydroxychloroquine ve favipiravir ile karşılaştırılmıştır. Dock ve moleküler dinamik simülasyonları, bu moleküllerin SARS-CoV2 Mpro'nun potansiyel inhibitör etkinliğini analiz edilmiştir. Lipinski parametreleri ve Docking sonuçları, karvakrol (2), karvakril asetat (11) ve kuminaldehit (12) ligandlarının COVID-19'a karşı potansiyel inhibitörler olduğunu göstermiştir. Sonuçlara göre bu uçucu bileşenleri içeren, sentetik ilaçlara göre yan etkileri çok az olan, tıbbi aromatic bitkilerin ilaç sanayide takviye ürün olarak kullanılma potansiyeli olduğu görülmektedir.en_US
dc.identifier.citationKocakaya, Ş. Ö., Ertaş, A., Yener, İ., Arıca, E. ve Dinçel, D. (2023). Docking studies of natural product derived carvacrol type aromatic monoterpenes against COVID-19 and comparison with used synthetic drugs: Potential of carvacryl acetate against SARS-CoV-2 (COVID-19). Dicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 12(1), 1-14.en_US
dc.identifier.doi10.55007/dufed. 1184096en_US
dc.identifier.endpage14en_US
dc.identifier.issn2146-4693
dc.identifier.issn2458-9330
dc.identifier.issue1en_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.urihttps://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/2687651
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11468/12080
dc.identifier.volume12en_US
dc.institutionauthorKocakaya, Şafak Özhan
dc.institutionauthorErtaş, Abdulselam
dc.institutionauthorYener, İsmail
dc.institutionauthorArıca, Enes
dc.language.isoenen_US
dc.publisherDicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsüen_US
dc.relation.ispartofDicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectCarvacrolen_US
dc.subjectCarvacryl acetateen_US
dc.subjectCOVID-19en_US
dc.subjectFavipiraviren_US
dc.subjectHydroxychloroquineen_US
dc.subjectThymolen_US
dc.subjectKarvakrolen_US
dc.subjectKarvakril asetaten_US
dc.subjectHidroksiklorokinen_US
dc.subjectTimolen_US
dc.titleDocking studies of natural product derived carvacrol type aromatic monoterpenes against COVID-19 and comparison with used synthetic drugs: Potential of carvacryl acetate against SARS-CoV-2 (COVID-19)en_US
dc.title.alternativeDoğal ürün türevli karvakrol tipi aromatik monoterpenlerin COVID-19'a moleküler modelleme çalışmaları ve kullanılmış sentetik ilaçlarla karşılaştırılması: Karvakril asetatin SARS-CoV-2'ye (COVID-19) karşı potansiyelien_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Docking Studies of Natural Product Derived Carvacrol Type Aromatic.pdf
Boyut:
1.2 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Makale Dosyası
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
[ X ]
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Dicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi