Docking studies of natural product derived carvacrol type aromatic monoterpenes against COVID-19 and comparison with used synthetic drugs: Potential of carvacryl acetate against SARS-CoV-2 (COVID-19)
Loading...
Date
2023
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Dicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü
Access Rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
Abstract
The COVID-19 pandemic that broken out in 2020 is becoming more
worrying for the world. Although there is no 100 % success against
COVID-19, certain synthetic drugs are currently used despite various side
effects. Therefore, studies on the discovery of new treatment alternatives
come to the fore. Studies so far show that natural products are still
important resources for the discovery of new therapeutic agents. Plantderived essential oils are complex volatiles composed of various
phytochemicals, mostly containing compounds such as sesquiterpenes,
monoterpenes, and phenylpropanoids. In this study, especially thymol
and carvacrol compounds specific to the Lamiaceae (Labiate) family and
aromatic monoterpenes derived from these compounds were modeled
against COVID-19. Results were compared with remdesivir,
hydroxychloroquine, and favipiravir used as synthetic drugs. Dock and
molecular dynamics simulations analyzed these molecules’ potential
inhibitor efficiency of the SARS-CoV2 Mpro
. Lipinski parameters and
Docking results were demonstrated that ligands carvacrol (2), carvacryl
acetate (11) and cuminaldehyde (12) are potential inhibitors towardsCOVID-19. According to the results, it is seen that medicinal aromatic
herbs, which contain these volatile components with the fewer side
effects than synthetic drugs, have the potential to be used as supplements
in the pharmaceutical industry.
2020 yılında baş gösteren COVID-19 pandemisi giderek Dünya için daha endişe verici hal almaktadır. COVİD-19’a karşı %100 başarı alınamasa da şuan çeşitli yan etkilerine rağmen belli sentetik ilaçlar kullanılmaktadır. Bu nedenle, yeni tedavi alternatiflerinin keşfi ile ilgili çalışmalar ön plana çıkmaktadır. Şimdiye kadar yapılan çalışmalar doğal ürünlerin, yeni terapötik ajanların keşfi için hala önemli kaynaklar olduğunu göstermektedir. Bitki türevi uçucu yağlar, çeşitli fitokimyasallardan oluşan karmaşık uçucular olup, daha çok monoterpenler, seskiterpenler ve fenilpropanoidler vb. bileşikleri ihtiva eder. Bu çalışmada özellikle Labiate familyasına özgü timol ve karvakrol bileşikleri ile bu bileşiklerin türevi aromatik monoterpenlerin COVİD19’a karşı moleküller modellemeleri yapılmıştır. Sonuçlar sentetik ilaç olarak kullanılan remdesivir, hydroxychloroquine ve favipiravir ile karşılaştırılmıştır. Dock ve moleküler dinamik simülasyonları, bu moleküllerin SARS-CoV2 Mpro'nun potansiyel inhibitör etkinliğini analiz edilmiştir. Lipinski parametreleri ve Docking sonuçları, karvakrol (2), karvakril asetat (11) ve kuminaldehit (12) ligandlarının COVID-19'a karşı potansiyel inhibitörler olduğunu göstermiştir. Sonuçlara göre bu uçucu bileşenleri içeren, sentetik ilaçlara göre yan etkileri çok az olan, tıbbi aromatic bitkilerin ilaç sanayide takviye ürün olarak kullanılma potansiyeli olduğu görülmektedir.
2020 yılında baş gösteren COVID-19 pandemisi giderek Dünya için daha endişe verici hal almaktadır. COVİD-19’a karşı %100 başarı alınamasa da şuan çeşitli yan etkilerine rağmen belli sentetik ilaçlar kullanılmaktadır. Bu nedenle, yeni tedavi alternatiflerinin keşfi ile ilgili çalışmalar ön plana çıkmaktadır. Şimdiye kadar yapılan çalışmalar doğal ürünlerin, yeni terapötik ajanların keşfi için hala önemli kaynaklar olduğunu göstermektedir. Bitki türevi uçucu yağlar, çeşitli fitokimyasallardan oluşan karmaşık uçucular olup, daha çok monoterpenler, seskiterpenler ve fenilpropanoidler vb. bileşikleri ihtiva eder. Bu çalışmada özellikle Labiate familyasına özgü timol ve karvakrol bileşikleri ile bu bileşiklerin türevi aromatik monoterpenlerin COVİD19’a karşı moleküller modellemeleri yapılmıştır. Sonuçlar sentetik ilaç olarak kullanılan remdesivir, hydroxychloroquine ve favipiravir ile karşılaştırılmıştır. Dock ve moleküler dinamik simülasyonları, bu moleküllerin SARS-CoV2 Mpro'nun potansiyel inhibitör etkinliğini analiz edilmiştir. Lipinski parametreleri ve Docking sonuçları, karvakrol (2), karvakril asetat (11) ve kuminaldehit (12) ligandlarının COVID-19'a karşı potansiyel inhibitörler olduğunu göstermiştir. Sonuçlara göre bu uçucu bileşenleri içeren, sentetik ilaçlara göre yan etkileri çok az olan, tıbbi aromatic bitkilerin ilaç sanayide takviye ürün olarak kullanılma potansiyeli olduğu görülmektedir.
Description
Keywords
Carvacrol, Carvacryl acetate, COVID-19, Favipiravir, Hydroxychloroquine, Thymol, Karvakrol, Karvakril asetat, Hidroksiklorokin, Timol
Journal or Series
Dicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
WoS Q Value
Scopus Q Value
Volume
12
Issue
1
Citation
Kocakaya, Ş. Ö., Ertaş, A., Yener, İ., Arıca, E. ve Dinçel, D. (2023). Docking studies of natural product derived carvacrol type aromatic monoterpenes against COVID-19 and comparison with used synthetic drugs: Potential of carvacryl acetate against SARS-CoV-2 (COVID-19). Dicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 12(1), 1-14.
