Karasal aktinomisetlerde yeni ilaç adaylarınıın kimyasal ve genomik olarak taranması

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorBostancı, Ebru İnce
dc.contributor.authorKum, Ekrem
dc.date.accessioned2020-03-03T11:52:12Z
dc.date.available2020-03-03T11:52:12Z
dc.date.issued2019
dc.date.submitted2019-01-18
dc.departmentDicle Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalıen_US
dc.descriptionLisansüstü tezlerin elektronik ortamda toplanması, düzenlenmesi ve erişime açılması konusuna ilişkin yök'ün 18.06.2018 tarihli yönergesine istinaden artık bu tarihten sonra gizlilik şartı aranmayan bütün tezler erişime açılacaktır.en_US
dc.description.abstractKarasal aktinomisetler yeni biyoaktif bileşiklerin keşfi için önemli kaynaklardan biridir. Bu çalışmada, izolasyonu ve teşhisi daha önce yapılmış olan lokal Strepromyces izolatlarının biyoaktif doğal ürün üretme kapasitelerini bulmak için genomik ve metabolomik yaklaşımlar kullanıldı. 6 Streptomyces izolatı (AA50, AS41, BA2, BS40, CA17 ve CAH29) modifiye edilen üç farklı besiyerinde üretildi ve metabolitler farklı çözücüler kullanılarak ekstrakte edildi. Bu metabolitlerin patojen bakteriler ve C. albicans'a karşı antimikrobiyal aktiviteleri saptandı. Mikrobiyal organik ekstraktların denenen tüm test organizmalarına karşı yüksek oranda antimikrobiyal aktivite gösterdiği tespit edildi. Geniş spektrum ve yüksek zon çapı açısından en iyi aktiviteye GYM besiyerinde üretilen izolatların ekstraktlarında rastlandı. Streptomyces'ların ürettikleri metabolitlerin analizi için sıvı kromatografisi-ikili kütle spektroskopisi (LC-MS/MS) kullanıldı. İzolatların üretmiş oldukları metabolitlerin kimyasal özellikleri ve ilişkili oldukları metabolik yolakların tespit edilmesiyle, bu metabolitlerin dereplikasyonu ve kesin olmayan identifikasyonları değerlendirildi. Dereplikasyon analizleri sonucunda; lyngbyatoxin A, aktinomycin D, enterocin, alteramide B, malyngamide K ve bouillonamide B gibi önemli biyoaktif doğal ürünlerin varlığı ortaya kondu. Genom analizi ile Streptomyces sp. BA2 genomunda; poliketid sentaz (PKS), ribosomal olmayan peptid sentetaz (NRPS), terpen, ektoin, indol, lantibiyotik ve sideroforlar gibi farklı doğal ürünleri sentezleyebilme potansiyeline sahip ve kaydadeğer çeşitlilikte biyosentetik gen kümeleri tespit edildi. Daha da önemlisi, glikogenomik stratejisi kullanılarak, Streptomyces sp. BA2'nin kültür ortamında yeni bir glikolize bileşiğe ve bu bileşiğin sentezinden sorumlu olduğu düşünülen PKS-II bütirilakton gen kümesine ulaşıldı.
dc.description.abstractTerrestrial actinomycetes are an important source to discovery novel bioactive compounds. In this study, the previously isolated and identified rhizosphere Streptomyces strains were screened to explore the bioactive natural product capacity by using genomics and metabolomics approaches. The six Streptomyces strains (AA50, AS41, BA2, BS40, CA17 and CAH29) were cultivated in three modified culture media and metabolites were extracted by using different organic solvents. The antimicrobial activity was determined against to pathogen bacteria and C. albicans. The microbial organic extracts had high antibacterial activities against to all tested microbes. The highest antimicrobial activity in terms of high zone diameter and wide spectrum was obtained from culture extracts of GYM medium for all organisms. Metabolic profiling was performed by a non-targeted LC-MS/MS approach. Dereplication and tentative identification of natural products were evaluated for common chemical properties and their associated pathways. Significant bioactive natural products such as lyngbyatoxin A, actinomycin D, enterocin, alteramide B, malyngamide K and bouillonamide B were determined. The genome of Streptomyces sp. BA2 was prospected in search of biosynthetic gene clusters including polyketide synthase (PKS), nonribosomal peptide synthetase (NPRS), terpene, ectoin, indole, lantibiotics, and siderophores. It has been determined the considerable diversity of natural product biosynthetic gene clusters in its genome. More importantly, according to the glycogenomics study, an unknown glycosylated compound associated with a PKS-II butyrolactone gene cluster was established through chemical and genomic analyses.
dc.description.sponsorshipFEN.17.016 proje koduyla Dicle Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü (DÜBAP) tarafından desteklenmiştir.en_US
dc.identifier.citationKum, E. (2019). Karasal aktinomisetlerde yeni ilaç adaylarınıın kimyasal ve genomik olarak taranması. Yayımlanmamış doktora tezi, Dicle Üniversitesi, Diyarbakır.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11468/4780
dc.institutionauthorKum, Ekrem
dc.language.isotren_US
dc.publisherDicle Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsüen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectAktinomisetleren_US
dc.subjectStreptomycesen_US
dc.subjectDoğal ürünleren_US
dc.subjectKütle spektrometresien_US
dc.subjectMrtabolomiken_US
dc.subjectGNPSen_US
dc.subjectSekonder metabolitleren_US
dc.subjectGenomiken_US
dc.subjectGenom madenciliğien_US
dc.subjectActinomycetesen_US
dc.subjectNatural productsen_US
dc.subjectMass spectrometryen_US
dc.subjectMetabolomicsen_US
dc.subjectSecondary metabolitesen_US
dc.subjectGenomicsen_US
dc.subjectGenome miningen_US
dc.titleKarasal aktinomisetlerde yeni ilaç adaylarınıın kimyasal ve genomik olarak taranmasıen_US
dc.typeDoctoral Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
544181.pdf
Boyut:
4.8 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tez Dosyası
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
[ X ]
İsim:
license.txt
Boyut:
1.71 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tezler