Bazı Bacillus izolatlarının 16s rDNA bölgelerinin moleküler ve biyoinformatik karakterizasyonu
Yükleniyor...
Tarih
2016
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Canlılar sınıflandırılırken morfolojik ve biyokimyasal verilerin moleküler veriler ile desteklenmesi gerekmektedir. İki canlının yatay gen transferi veya konvergent evrim gibi olaylar nedeniyle de benzer özellikleri paylaşabilmesi canlıları sınıflandırmada morfolojik ve biyokimyasal verilerin çok da yeterli ve güvenilir olmadığını gösterir. Bu nedenle morfolojik ve biyokimyasal verilerin moleküler verilerle de desteklenmesi doğru bir sınıflandıma açısından son derece önem taşır. Moleküler yaklaşımlar özellikle bakteriyel taksonomide oldukça faydalı olmaktadır. Doğadaki bakteriyel çeşitliliğin büyük bir kısmını oluşturduğu düşünülen, kültüre alınamayan ( veya zor büyüyen) bakterilerin varlığı göz önüne alındığında moleküler temelli yaklaşımların önemi daha iyi anlaşılır. Ayrıca fenotipik yaklaşımların kimi zaman yetersiz kaldığı klinik tanı ve teşhis yöntemlerinde 16S rDNA gibi moleküler yaklaşımlara son dönemde sıkça başvurulmaktadır. Bakteriyel moleküler taksonomide en çok kullanılan yöntemlerden biri 16S rDNA sekans analizidir. Son zamanlarda bakteriyel teşhiste bazı protein genleri de kullanılmasına rağmen, 16S rRNA geninin (rDNA) bakteriler arasında evrensel olarak bulunması onu bakteriyel taksonomi için vazgeçilemez bir unsur haline getirmiştir. Yaptığımız çalışmada daha önce morfoljik ve biyokimyasal yöntemlere göre cins ve tür düzeyinde teşhis edilmiş Bacillus izolatlarını 16S rDNA bölgelerinin sekans analizi ile değerlendirdik. 16S rDNA bölgelerinin sekans analizi sonuçları gen bankasındaki verilerle %99-100 oranında homoloji gösterdi. Bu sonuçlar, fenotipik verilere göre Bacillus megaterium, Paenibacillus polymyxa, Bacillus thuringiensis ve beş tanesi B. subtilis'in üyesi olarak belirlenmiş olan sekiz izolatın tür düzeyini doğruladı. Ayrıca bu verilerden yola çıkarak bu izolatlar arasındaki filogenetik ilişkiler de belirlendi. Anahtar Kelimeler: 16S rDNA, PCR, Bacillus, Yatay gen transferi, Konvergent evrim
Morphological and biochemical data must be supported by molecular data when organisms are classified. Two organisms may share similar features due to also such as lateral gene transferring and convergent evolution events. Therefore morphological and biochemical data usually are not sufficient and reliable in classifying organisms. Thus, supporting morphological and biochemical data by molecular data for true classification is very crucial. Molecular approaches are become very useful in particularly bacterial taxonomy. Importance of molecular approaches are better understood when existence of bacteria which form the majority of bacterial diversity in nature and that are uncultivated (or fastidious) is considered. Also recently those molecular approaches such as 16S rDNA are often applied where phenotypic approaches are become insufficient in clinical diagnosis and identification. 16S rDNA sequencing analysis is one of the most frequently used methods. Recently, although some protein genes also are used, since 16S rRNA (rDNA) gene is present universal among bacteria, it has been indispensable for bacterial taxonomy. In our study, we evaluated that Bacillus isolate which has been identified in genus and species according to morphological and biochemical method by sequencing analysis of 16S rDNA regions. Sequencing results of 16S rDNA regions showed 99–100% homology with known sequence data in gene bank. These results confirmed species levels of eight isolates which identified as Bacillus megaterium, Paenibacillus polymyxa, Bacillus thuringiensis and the other five Bacillus Subtilis according to phenotypic data. Furthermore, phylogenetic relations among these isolates were also determined by using these data. Key Words: 16S rDNA, PCR, Bacillus, Lateral gene transferring, Convergent evolution
Morphological and biochemical data must be supported by molecular data when organisms are classified. Two organisms may share similar features due to also such as lateral gene transferring and convergent evolution events. Therefore morphological and biochemical data usually are not sufficient and reliable in classifying organisms. Thus, supporting morphological and biochemical data by molecular data for true classification is very crucial. Molecular approaches are become very useful in particularly bacterial taxonomy. Importance of molecular approaches are better understood when existence of bacteria which form the majority of bacterial diversity in nature and that are uncultivated (or fastidious) is considered. Also recently those molecular approaches such as 16S rDNA are often applied where phenotypic approaches are become insufficient in clinical diagnosis and identification. 16S rDNA sequencing analysis is one of the most frequently used methods. Recently, although some protein genes also are used, since 16S rRNA (rDNA) gene is present universal among bacteria, it has been indispensable for bacterial taxonomy. In our study, we evaluated that Bacillus isolate which has been identified in genus and species according to morphological and biochemical method by sequencing analysis of 16S rDNA regions. Sequencing results of 16S rDNA regions showed 99–100% homology with known sequence data in gene bank. These results confirmed species levels of eight isolates which identified as Bacillus megaterium, Paenibacillus polymyxa, Bacillus thuringiensis and the other five Bacillus Subtilis according to phenotypic data. Furthermore, phylogenetic relations among these isolates were also determined by using these data. Key Words: 16S rDNA, PCR, Bacillus, Lateral gene transferring, Convergent evolution
Açıklama
Anahtar Kelimeler
16S rDNA, PCR, Bacillus, Yatay gen transferi, Lateral gene transferring, Konvergent evrim, Convergent evolution
