Screening of angucycline antibiotics as potential drug candidates against MRSA by docking analysis

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorİnce, Ebru
dc.contributor.advisorPirinççioğlu, Necmettin
dc.contributor.authorAl-Bustany, Hazem Abbas Tofiq
dc.date.accessioned2017-02-27T13:01:26Z
dc.date.available2017-02-27T13:01:26Z
dc.date.issued2017
dc.date.submitted2016-01-15
dc.departmentDicle Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalıen_US
dc.description.abstractMethicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the major pathogens, mainly caused by hospital infections. It has also developed resistance to various antibiotics such as ß-lactams, aminoglycosides, and quinolones. Therefore, it is necessary to discover new drugs against MRSA infections by targeting their virulent factors. It is through that staphyloxanthin is a virulent factor of MRSA as dehydrosqualene synthase (CrtM) involves in the first step of its biosynthesis. For this reason, the CrtM enzyme is a potential target against MRSA by weakening its virulence. Actinomycetes are Gram-positive, filamentous, bacteria known for their significant capacity for the production of secondary metabolites with diverse biological activities. Among these, the polycyclic aromatic compounds which are known as angucycline antibiotics are the largest group of type-II polyketide synthase. The present study involves the evaluation of the inhibitory activity of 157 actinomycete-produced angucyline compounds against MRSA CrtM enzyme (PBD ID: 3ACW and 3W7F) by docking studies. Docking analysis demonstrate that among the attempted compounds; Moromycin A (56), Saquayamycin B (58), Saquayamycin A (145) and Saprolmycin E (29) have good interactions with CrtM with higher dock scores;-14.8, -14.4, -13.7, and -13.7 kcal/mol, respectively, when compared with substrate farnesyl diphosphate (-8.3 kcal/mol) and one of current inhibitors BPH-651 (-11.5 kcal/mol). However further studies, molecular dynamic simulations and in vitro investigations are required to achieve a conclusion. Key Words: Actinomycetes, Angucycline Antibiotics, MRSA, Staphyloxanthin, CrtM, Molecular Docking, AutoDock Vina.
dc.description.abstractMetisilin-dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), ağırlıklı hastane enfeksiyonlarından kaynak alan önemli bir patojendir. ß-laktamlar, aminoglikozitler ve kinolonlar gibi farklı antibiyotiklere direnç geliGtirmiGlerdir. Bundan dolayı, MRSA enfeksiyonlarına karGı, bunların virulans faktörlerini hedef alan yeni ilaçların keGfine büyük ihtiyaç vardır. Stafiloksantin MRSA’nın bir virulans faktörü olup, bu pigmentin biyosentezinin ilk aGaması dehidroskualen sentaz (CrtM) enzimi tarafından sentezlenmektedir. Bu sebeple, CrtM, virulansı zayıflatmak suretiyle MRSA’ya karGı kullanılabilecek potansiyel bir hedef olabilir. Aktinomisetler; Gram-pozitif, filamentli bakteriler olup, farklı biyolojik aktivitelere sahip sekonder metabolitleri yüksek kapasitede üretirler. Bunlar arasında, polisiklik aromatik bileGikler olan ve tip-II poliketid sentazlar tarafından sentezlenen angusiklin antibiyotikler geniG bir yer kaplamaktadır. Bu çalıGma, aktinomisetler tarafından üretilen 157 angusiklin bileGiğinin, AutoDock Vina programı kullanılarak, MRSA CrtM enzimi (PBD ID: 3ACW and 3W7F) üzerine inhibisyon etkisinin değerlendirilmesini kapsamaktadır. Doking analizleri sonucunda, incelenen bileGikler içerisinde; Moromycin A (56), Saquayamycin B (58), Saquayamycin A (145) ve Saprolmycin E (29) bileGiklerinin, enzimin substratı olan farnesyl diphosphate (doking skoru -8.3 kcal/mol) ile kıyaslandığında, CrtM ile iyi etkileGim göstererek, sırasıyla; -14.8, -14.4, -13.7 ve -13.7 kcal/mol gibi yüksek doking skorlarına sahip olduğu tespit edildi. Bununla beraber, kesin sonuçların elde edilmesi için moleküler dinamik simülasyonları ve in vitro deneylerin yapılması gerekmektedir. Anahtar Kelimeler : Aktinomisetler, Angusiklin Antibiyotikler, MRSA, Stafiloksantin, CrtM, Moleküler Docking, AutoDock Vina.
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11468/2877
dc.institutionauthorAl-Bustany, Hazem Abbas Tofiq
dc.language.isotren_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectActinomycetesen_US
dc.subjectAngucycline antibioticsen_US
dc.subjectMRSAen_US
dc.subjectStaphyloxanthinen_US
dc.subjectCrtMen_US
dc.subjectMolecular dockingen_US
dc.subjectAutoDock vinaen_US
dc.subjectAktinomisetleren_US
dc.subjectAngusiklin antibiyotikleren_US
dc.subjectStafiloksantinen_US
dc.subjectMoleküler dockingen_US
dc.titleScreening of angucycline antibiotics as potential drug candidates against MRSA by docking analysisen_US
dc.title.alternativeAngusiklin antibiyotiklerin doking analizleri yardımıyla MRSA’ya karşıpotansiyel ilaç adayı olarak taranmasıen_US
dc.typeMaster Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Screening of angucycline antibiotics as potential drug candidates against MRSA by docking analysis.pdf
Boyut:
13.77 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
[ X ]
İsim:
license.txt
Boyut:
1.71 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tezler