Yazar "Serin, Besi" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 6 / 6
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Bacillus subtilis ATCC 6051'den α-amilazın klonlanması ve karakterizasyonu(2015) Serin, BesiGünümüzde gelişen teknoloji ile birlikte enzim teknolojisi de gelişmektedir. Enzim teknolojisi, endüstriyel öneme sahip enzimlerin daha saf, ucuz ve bol miktarda üretilmelerine olanak tanımaktadır. Mikroorganizmalardan elde edilen enzimler endüstriyel sahada yaygın şekilde kullanılmaktadır. Bu çalışmada Bacillus subtilis ATCC 6051 kullanılmıştır. Bakterinin bol miktarda ?-amilaz üretebilmesi, tüm genom yapısının bilinmesi ve stabil olması nedeniyle klonlama ve saflaştırma çalışmaları için kullanılabileceğine karar verilmiştir. Bunun için gen kütüphanesinden Bacillus türlerine ait ?-amilaz geni taranarak primer dizayn edilmiştir. Bacillus subtilis ATCC 6051?in genomik DNA?sı izole edilmiş ve ?-amilaz gen bölgesi PCR?da amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri, agaroz jelde ve nanodropta saflık kontrolleri yapıldıktan sonra 3519 bç uzunluğundaki pCR-Blunt II TOPO klonlama kitine aktarılmıştır. Klonlama vektörü olarak 8274 bç uzunluğundaki pDG148 plazmidi kullanılmıştır. PCR ürünü, pCR-Blunt TOPO klonlama kitinden HindIII ve SphI restriksiyon enzimleriyle kesilmiş ve aynı enzimlerle kesilmiş olan klonlama vektörü pDG148?e klonlanmıştır. Böylece 10 244 bç uzunluğunda pDG148-Bs-amyE klonu elde edilmiştir. Genin ekspresyonu için 6xhis takısı bulunan pET16b ekspresyon vektörü olarak seçilmiş, amyE geni bu vektöre aktarılmış ve Escherichia coli BL21(DE3) kompetan hücrelerine transformasyonu yapılmıştır. Ardından amilaz proteininin izolasyonu ve saflaştırması yapılmıştır. Saflaştırma için histidin affinitesi gösteren Ni-NTA agaroz kullanılmıştır. Saflaştırılan proteinin SDS-PAGE?de molekül ağırlığı 67 kDa olarak tespit edilmiştir. Saflaştırılan proteinin doğru protein olduğu, Western blot analizleriyle teyit edilmiştir. Amilaz üretiminden sorumlu amyE geninin ifade ettiği proteinin tahmini üç boyutlu yapısı, daha önce kristal yapısı tanımlanmış amilaz ile SWISS-MODEL programı kullanılarak karşılaştırılmıştır. Klonlanan genin biyoinformatik analizlerinde, Bacillus subtilis sp. amyE genine %99 oranında benzerlik gösterdiği görülmüştür. Bu sonuç hedeflenen genin başarılı biçimde klonlandığını göstermiştir. amyE geninin ifade ettiği proteinin tahmini amino asit dizisi Genetool programı kullanılarak elde edilmiştir. Dizinin yaklaşık 659 amino asit dizisinden oluştuğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Bacillus subtilis, ?-amilaz, klonlama, saflaştırma, western blotÖğe Katı faz fermantasyon (Solid State Fermentation;SSF) tekniğiyle Bacillus Circulans'tan α -amilaz ve ß-galaktozidaz üretimi(2017) Serin, Besi; Uyar, FikretEnzim teknolojisinin giderek gelişmesi, ürünlerin kullanım alanlarının çeşitliliği ve ekonomik değerinin çok yüksek olması nedeniyle biyoteknolojinin endüstriyel enzimlerle ilgili alanında yapılan araştırmalar gittikçe önem kazanmaktadır. ?-amilaz ve ?-galaktozidaz günümüz biyoteknolojisinin en önemli enzimleri arasındadır. Bu enzimlerin çok sayıda endüstriyel uygulamaları bulunmaktadır. ?-amilaz; yiyecek, fermantasyon, tekstil, kağıt, deterjan endüstrisi ve tıp gibi pek çok kullanım alanına sahiptir. ?-galaktozidaz ise laktozun enzimatik hidrolizini katalizleyerek sağlık ve yiyecek teknolojisi açısından oldukça faydalı sonuçlar sağlamaktadır. Çalışmamızda SSF yöntemiyle Bacillus circulans’tan ?-amilaz ve ?- galaktozidaz üretimi ve bu enzimlerin bir takım optimizasyonları tespit edilmeye çalışıldı. SSF besiyerini oluşturmak için katı substrat olarak pamuk küspesi, mısır küspesi, elma kabuğu, muz kabuğu, portakal kabuğu, pirinç kabuğu, buğday kepeği ve darı kullanıldı. En iyi aktivite pirinç kabuğunda elde edildi. Bu nedenle daha sonraki çalışmalarımızda pirinç kabuğu katı substrat olarak kullanıldı. Enzimlerin üretimi için en iyi inkübasyon süresi 48. saat, en iyi inkübasyon sıcaklığı 37ºC olarak tespit edildi. Uygun ekim miktarı, uygun nem miktarı ve başlangıç pH tespiti amacıyla yapılan deneylerde, ?-amilaz için uygun ekim miktarı %25, ?-galaktozidaz için %35; uygun nem miktarı her iki enzim için %20 ve başlangıç pH’sı 7.5’te elde edildi. 50mM NaCI, %1 CHAPS, %1 TritonX100, %1 SDS, %1 Tween 40, saf su, pH 6.8 ve pH 7.0 sodyum fosfat tamponu ve çeşme suyu kullanılarak uygun ekstraksiyon ortamı belirlenmeye çalışıldı. Her iki enzim için en iyi aktivite çeşme suyunda elde edildi. 25ºC – 90ºC sıcaklık aralıklarında yapılan aktivite tayinlerinde ?-amilaz için optimum aktivite sıcaklığı 70ºC ve ?-galaktozidaz için 60ºC olarak tespit edildi. Enzimlerin üretiminde en iyi aktivite katı substrat karışımlarından 0.5g darı + 4.5g pirinç kabuğu karışımında elde edildi. %1 oranındaki farklı azot ve karbon kaynaklarının enzimlerin üretimi üzerine etkisi incelendi. ?-amilaz için en iyi azot kaynağı amonyum klorür ve amonyum nitrat iken ?-galaktozidaz için azot kaynaklarının enzim üretimini arttırıcı bir etkisinin olmadığı belirlendi. %1 oranındaki karbon kaynaklarının ise enzimlerin üretimini arttırmadığı tespit edildi. %0.1 oranındaki metal iyonlarının enzimlerin üretimi üzerine etkisi incelendi. Her iki enzim için ZnSOR 4R.7HR 2RO ve CuSOR 4R.5HR 2RO’da aktivite görülmezken MgSOR 4R.7HR 2RO, FeSOR 4R.7HR 2RO ve CaClR 2R’nin kontrole göre düşük çıktığı belirlendi. Anahtar sözcükler : SSF, ?-amilaz, ?-galaktozidaz, Bacillus circulans.Öğe Katı faz fermantasyon tekniği ile Bacillus circulans ATCC 4516’dan ekstrasellüler ?-Galaktosidaz üretimi(Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi, 2019) Serin, Besi; Akcan, NurullahÇoğu mikrobiyal enzim, derin fermantasyonu ile üretilmesinerağmen, katı faz fermantasyonu (KFF) ile tarımsal atıkların substratolarak kullanılmasıyla enzimlerin üretimi daha ekonomik hale gelir.Enzim üretim sürecini KFF açısından kayda değer ölçüde ucuz hale getirmek için, maliyeti düşük substratların kullanımı büyük ilgigörmektedir. Bu çalışmada, KFF yönteminde substrat olarak pirinçkepeği kullanılarak Bacillus circulans ATCC 4516’dan βgalaktosidaz üretimi ve enzim üretimine etki eden bazıparametrelerin etkisi incelendi. İnkübasyon zamanı, inkübasyon sıcaklığı, inokülüm seviyesi, başlangıç pH’sını içeren belirlifermantasyon parametreleri ayrı ayrı incelendi. Maksimummiktarda β-galaktosidaz üretimi; %35 inokülüm oranı, pH 7.5,37°C'de ve 48. saatte elde edildi. Ayrıca fermantasyon ortamınaçeşitli karbon ve azot kaynakları eklenerek β-galaktosidaz üretimiüzerine etkisi incelendi. Elde edilen sonuçlara göre ortama eklenenkarbon ve azot kaynakları enzim üretimini baskıladı. Sonzamanlarda endüstriyel önemi olan enzimlerin daha ekonomik birşekilde üretilmesine yönelik çalışmalara olan ilgi artmaktadır. Eldeedilen sonuçlara göre pirinç kepeği substrat olarak kullanılarakBacillus circulans ATCC 4516’dan düşük maliyetle β-galaktosidazenzimi üretilebilir.Öğe Production and optimization of ?-amylase from Bacillus circulans ATCC 4516 with solid state fermentation(2012) Uyar, Fikret; Akcan, Nurullah; Serin, BesiBu çalışmanın amacı Bacillus circulans ATCC 4516 tarafından üretilen ?-amilazın belirli üretim parametrelerini incelemektir. ?-Amilazın optimizasyon parametreleri katı faz fermantasyonu ile gerçekleştirilmiştir. Katı atık besin kaynağı olarak pirinç kepeği kullanılmıştır. Karbon ve metal tuz kaynakları eklenmesi ile enzim üretimi azalmıştır. İnkübasyon zamanı, inkübasyon sıcaklığı, inokülüm düzeyi, başlangıç pH ve ekstraksiyon ortamı gibi belirli fermantasyon parametreleri ayrı ayrı incelenmiştir. Maksimum ?-amilaz üretim miktarı (2716.9 ± 35.9 U/mg) amonyum klorür eklenmesi ile 48. saatte 37ºC’de inokülüm düzeyi %25, başlangıç pH’ı 7.5 olarak elde edilmiştir.Öğe Production and Optimization of ?-Amylase from Bacillus circulans ATCC 4516 with Solid State Fermentation ?(Hacettepe Üniversitesi, 2012) Serin, Besi; Akcan, Nurullah; Uyar, FikretThe aim of this paper is to study influence of the certain production parameters of ?-amylase by Bacillus circulans ATCC 4516. Optimization parameters of ?-amylase were carried out with solid state fermentation SSF . Solid waste from rice bran used as the basic nutrient source. Supplementation with carbon and metal salt sources decrased the enzyme production. Certain fermentation parameters involving incubation time, incubation temperature, inoculum level, initial pH and extraction medium were studied separately. Maximal amount of ?-amylase production 2716.9 ± 35.9 U/mg was obtained inoculum level 25%, initial pH 7.5 at 37oC for 48 h with supplementation of ammonium chloride.Öğe Solid State Fermentation for Cultural Conditions Optimization and Production of ?-Amylase from Bacillus licheniformis ATCC 12759(2017) Serin, Besi; Akcan, NurullahThe aim of this paper is to study influence of the certain production parameters of ?-amylase by Bacillus licheniformis ATCC 12759. Various agroresidues as substrate were studied for enzyme production. The highest enzyme production was expressed with rice bran as units per mass of dry substrate (1399.8±6.6 U/mg). Optimization parameters of ?-amylase production were carried out with solid state fermentation (SSF). Solid waste from rice bran used as the basic nutrient source. Supplementation with carbon and metal salt sources decrased the enzyme production. Certain fermentation parameters involving incubation time, incubation temperature, inoculum level, moisture level, extraction medium, initial pH and medim volume were studied separately. Maximal amount of ?-amylase production (2094.9±53.1 U/mg) was obtained inoculum level 30%, moisture level 20%, initial pH 6.5 at 37ºC for 48 h with supplementation of ammonium cloride.
