Yazar "Koçak, Nadir" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 8 / 8
  • [ X ]
    Öğe
    The expression of steroidogenic genes in ovine corpus luteum during early pregnancy
    (2021) Köse, Mehmet; Atlı, Mehmet Osman; Koçak, Nadir; Hıtıt, Mustafa; Bülbül, Bülent
    Aim: The goal of this study was to investigate the expression of steroidogenic genes in ovine corpus luteum during early pregnancy Materials and Methods: The animal model was designed as pregnancy; ewes were divided into three sub-groups, pregnancy 12th day: P12, pregnancy 16th day: P16, pregnancy 22th day: P22, and cyclic day 16 (C16). The expression of steroidogenic genes (steroidogenic acute regulatory protein; StAR, cytochrome P450 side-chain cleavage; P450sscc, and 3b-hydroxysteroid dehydrogenase/delta5 delta4-isomerase; 3?HSD) was evaluated using qPCR, and mRNA localization of StAR was detected on P16 against C16 through in-situ hybridization. Results: The expression of StAR mRNA was higher on day P22 and P16 compared to P12 (p<0.05), while it was at a steady-state level on day P22 vs P16 (p>0,05). mRNA expression of P450scc was greater on day P22 and P16 than day P12 (p<0.05), however on day P22 vs P16, it was at a steady-state level (p>0,05). Also, mRNA expression of 3?HSD had a similar trend; it was higher on day P22 and P16 compared to P12 (p<0.05), while it was at a steady-state level on day P22 vs P16 (p>0,05). In in-situ hybridization, we did not detect StAR mRNA on cyclic day 16 (C16) while abundantly expressed in luteal cells in P16. Conclusion: The mRNA expression of steroidogenic genes may appear to play a critical role during early pregnancy in ewes. Accordingly, it can be suggested that the steroidogenic pathway in the corpus luteum of ewe may transcriptionally regulate progesterone synthesis required for maintenance of early pregnancy
  • Küçük Resim
    Öğe
    Fentanyl inhibits tumorigenesis from human breast stem cells by inducing apoptosis
    (Asian Pacific Organization for Cancer Prevention, 2017) Koçak, Nadir; Özen, Filiz; Yıldırım, İbrahim Halil; Duran, Yağmur
    Fentanyl is an opioid analgesic that it is widely used in cancer patients. Since there have been reports of effects of analgesic medications on the recurrence and development of resistance to treatment, influences of of fentanyl on MCF-7 and HEK293 cells were evaluated. Cell viability and apoptosis were assessed by MTT assay and flow cytometry, respectively. Gene expression analysis was performed by quantitative real-time PCR assay for the Oct4, Sox2 and Nanog genes as stem cell markers and Bax, Bcl2, and p53 genes as apoptosis markers. MTT assay results showed that fentanyl significantly inhibited the growth of MCF-7 cells in a dose-and time-dependent manner while significantly increasing apoptosis. In contrast, decrease was noted in HEK-293 cells. In MCF-7 derived cancer stem cells, fentanyl treatment decreased the expression of Bax, Bcl2, Oct4, Sox2, Nanog genes when compared to untreated cells. In HEK-293 stem cells, decrease was noted for Sox2, Nanog and Bax, but increase for Oct4. Our study supports an antitumor role of fentanyl by inducing apoptosis and reducing numbers of cancer stem cells in the MCF-7 human breast adenocarcinoma line.
  • Küçük Resim
    Öğe
    p53 ve p53 gen ailesi üyeleri olan p63 ve p73’ün hücresel işlevleri
    (Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2011) Koçak, Nadir; Yıldırım, İbrahim Halil; Yıldırım, Seval Cing
    p53, hücre akıbetinin belirlenmesinde önemli rol oynayan hücre döngüsünün durdurulması veya programlı hücre ölümüne yönlendirilmesi gibi hücresel birçok yolağın düzenlenmesinde görev alan bir transkripsiyon faktörüdür. p53 aracılığı ile programlı hücre ölümünün başlatılması veya hücre çoğalmasının durdurulması, hasarlı DNA replikasyonunu ve genetik olarak normal olmayan hücrelerin çoğalmasını engellemektedir. Bu nedenle p53 işlevlerinin mutasyon ya da delesyon ile engellenmesi hücre homeostasisin sağlanmasında da ayrıca önemlidir. Bununla birlikte, çalışmalar p53’ten yoksun farelerin ve Saos-2 gibi hücrelerin yaşamlarını devam ettirebildiklerini göstermektedir. Bu durum, p53’ten yoksun olan organizmalarda p53 işlevini karşılayan p53-ilişkili proteinlerin olabileceğini düşündürmüştür. p53 ilişkili p63 ve p73 proteinlerinin keşfi, p53’ten yoksun hücrelerde p53 bağımlı genlerin transkripsiyonlarına bir açıklama getirmiştir. p63 ve p73 proteinlerinin her ikisi de p53 proteini ile yüksek oranda benzerlik göstermekte ve p53’ün bazı işlevlerini de paylaşmaktadırlar. p53’ten farklı olarak p63 ve p73 insan kanserlerinde nadir olarak mutasyona uğramıştır. Burada p53 hakkındaki güncel bilgilerle beraber p53-ilişkili proteinler olan p63 ve p73 hakkındaki bilgileri de özetlemeye çalıştık.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Programlı hücre ölümü; literatür bilgilerinin Türkçe derlemesi
    (Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi, 2012) Yıldırım, İbrahim Halil; Koçak, Nadir; Cing Yıldırım, Seval
    Programlı hücre ölümü, embriyogenez ve metamorfoz, sırasında istemeyen hücrelerin ve gelişimi endokrin bağımlı dokuların ortadan kaldırılmasında ve normal doku homeostasisinin sağlanmasında önemlidir. Bu işlem enerji bağımlıdır ve ölümü gerçekleşecek olan hücrelerin kendi aktif katılımları ile gerçekleşmektedir. Programlı hücre ölümü, intrinsik ve ekstrinsik yolak olarak da adlandırılan mitokondriyal yolak ve ölüm reseptör yolağı olarak iki şekilde oluşmaktadır. Bunlar dışında, perforin/granzim yolağı ile gerçekleşen hücre ölümü de programlı hücre ölümü içerisinde incelenebilir. Bu her üç yolak, kaspaz3/7’nin aktifleştirilmesi ve programlı hücre ölümü sonrasında gerçekleşen kromatin yoğunlaşması, DNA parçalanması, nükleer ve sitoplazmik proteinlerin parçalanması gibi olaylarda birleşmektedirler. Hücre dışı uyarılar ile başlatılan ekstrinsik yolak, hücrelerin bu uyaranlara verdikleri cevaba bağlı olarak iki farklı şekilde işlemektedir. Bu yolakta, Tip I olarak adlandırılan hücreler DISC bileşimi içinde aktifleşen kaspaz-8’in kaspaz-3’ü aktifleştirmesine ihtiyaç duyarlar. Tip II hücrelerde ise, DISC bileşimi ve buna bağlı olarak da aktif kaspaz-8 oluşumu azalmıştır. Programlı hücre ölümünün gerçekleştirilebilmesi için, aktifleşen kaspaz-8 tarafından sitozolik BID proteinin kesilerek mitokondriyal yolağın tetiklenmesi ve kaspaz-3’ün aktifleştirilmesi gerekir. Tip II hücrelerde Bcl-2 ve Bcl-XL proteinlerinin fazla ifade edilmesi kaspaz-8 ve kaspaz-3 aktivasyonunu ve dolayısıyla programlı hücre ölümünü engellemektedir. Bu çalışma ile, bugünkü bilgiler ışığında programlı hücre ölümünün tarihçesi, morfolojisi ve biyokimyası hakkında Türkçe bir derleme ile Türk öğrenci ve araştırmacılara katkı sağlamak amaçlanmıştır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Small molecule inhibitor of nicotinamide N-methyltransferase shows anti-proliferative activity in HeLa cells
    (Taylor & Francis, 2021) Akar, Serra; Duran, Tuğçe; Azzawri, Ali Ahmed; Koçak, Nadir; Çelik, Çetin; Yıldırım, Halil İbrahim
    The anti-proliferative effects of 5-methylquinolinium (5MQ) of nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) have not been previously investigated on a cervical cancer cell line. NNMT is a metabolic enzyme that is correlated with tumour progression and metastasis. 5MQ is a small molecule inhibitor of NNMT. 0.1-500 mu M of 5MQ was tested on the HeLa epithelial cervical cancer cell line. Cell viability was assessed with the MTT test. TWIST, ZEB1, SERPIN1, SIRT1, CD16, mRNA and various protein expression levels were analysed with Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) and Western Blotting, respectively. 5MQ significantly inhibited HeLa cell proliferation in a concentration and time-dependent manner. Increased cell shrinkage, loss of cellular adhesions and apoptotic bodies were observed in HeLa cells after 5MQ treatment. Following treatment with 5MQ, ZEB1, SIRT1, CD16 mRNA levels were increased while TWIST and SERPIN1 mRNA levels were reduced. Expressions of oncogenic proteins phospho-Akt and SIRT1 were decreased. 5MQ can effectively inhibit HeLa cell proliferation without apparently affecting HEK-293 cell proliferation. IMPACT STATEMENT What is already known on this subject? NNMT is a cytosolic enzyme involved in tumour progression, metastasis and treatment resistance. It was overexpressed in many human malignancies. 5-amino-1-methylquinolinium (5MQ) is a novel small molecule inhibitor of NNMT that has shown promising results in the treatment of obesity and in senescent muscle regeneration. 5MQ has not been tested on the HeLa cervical cancer cell line, previously. What do the results of this study add? In this study, 5MQ was tested on the HeLa cervical cancer cell line for the first time and the molecular changes associated with 5MQ treatment were analysed. 5MQ demonstrated significant anti-proliferative activity on HeLa cells, which displayed morphological signs of apoptosis. Treatment of HeLa cells with 5MQ led to an increase in ZEB1, SIRT1 mRNA while TWIST mRNA was decreased. Phospho-Akt and Sirtuin1 protein expressions were decreased. What are the implications of these findings for clinical practice and/or further research? 5MQ can effectively inhibit HeLa cell proliferation without apparently affecting HEK-293 cell proliferation. 5MQ treatment was associated with a decrease in the expression of phospho-Akt and Sirtuin1 proteins, both of which have been reported to maintain tumour progression. 5MQ can further be investigated and modified for anti-cancer therapy.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Studying the C1772T polymorphism of Hif-1? and TGF-?3 IVS5+104 A/G polymorphism in children with congenital non-syndromic neural tube defects and their mothers
    (Cellular and Molecular Biology Association, 2018) Yıldırım, İbrahim Halil; Koçak, Nadir
    Prevalence of neural tube defect (NTD) has reduced after folic acid intake. However; which mechanisms are effective in NTD are not known exactly. In this study; due to the possible effects on hypoxic pathway and embryonic development, particularly on extracellular matrix components, Hif-1α Pro582Ser and TGF-β3 IVS5+104 A/G SfaN1 polymorphisms were studied by PCR-RFLP method both on children with NTDs and mothers. Statistical differences were seen for Hif-1α and TGF-β3 IVS5+104 A/G SfaN1 polymorphisms in children with NTDs but no difference was seen in mothers. Both genes are effective on many pathways and our results suggest that regulation of extracellular matrix components of children during fetal life is important in neural tube defects formation. The results of this study show that Hif-1α Pro582Ser and TGF-β3 IVS5+104 A/G SfaN1 polymorphisms may play a role in NTDs.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Vitamin D can be used as a supplement against cancer stem cells
    (CMB Association Publishers, 2018) Koçak, Nadir; Nergiz, Süleyman; Yıldırım, İbrahim Halil; Duran, Yağmur
    Cancer is standing like a bottomless pit or a black hole in front of mankind. Scientists are trying all possible ways to find a solution against to cancer. As known, cancer is a phenomenon fed from internal dynamics. One of internal dynamic is cancer stem cells that are involved in the formation and development of cancer. Because of these dynamics, scientists began to search solution inside of the body. Another internal dynamic is vitamin D and it is not only important in calcium homeostasis but also it is important for cell proliferation, differentiation, and apoptosis. In this study, we investigated the effect of vitamin D on cancer stem cells that sorted from MCF-7 cell line and on HEK293 cell line as control. Our results showed that calcitriol treatment reduced the number of CSC (Cancer Stem Cell) in the MCF-7 cell while increased in HEK293 cell population. Gene expression analyses showed that effect of calcitriol on apoptosis plays an important role in this reduction. Deficiency or unavailability of vitamin D may take a role in the pathogenesis of breast cancer.
  • [ X ]
    Öğe
    Yarık damak ve dudaklı çocuklar ve annlerinde HIF1A’nın iki polimorfizminin vaka kontrol çalışması
    (Fatih BAŞAK, 2020) Yıldırım, İbrahim; Koçak, Nadir; Kamaşak, Kağan
    Amaç: Palatogenez, fetal yaşamın erken evrelerinde ortaya çıkan metabolik bir olaydır. Raporlar, hipoksinin damak oluşumunda ve yükselmesinde ve ayrıca dudakların füzyonunda kritik bir durum olduğunu göstermektedir. Çevresel faktörlerin yanı sıra, genetik faktörlerin hipokside önemli rol oynadığı bilinmektedir. Hücrelerin hipoksiye yol açan oksijen basıncındaki değişikliklere cevap verebilme yeteneği, hipoksi ile indüklenebilir faktörler (HIF'ler) olarak bilinen bir transkripsiyon faktörü ailesinin aktivasyonuna bağlıdır. Bu çalışma, yarık dudak/damaklı çocuklar ve bu çocukların annelerinde hipoksi ile indüklenebilir faktör 1, alfa alt birimi (HIF1A)'nin iki polimorfizminin dağılımını belirlemek için yapılmıştır. Yöntemler: HIF1A'nın (Pro582Ser ve Ala588Thr) iki polimorfik yapısı, çalışma grubu olan yarık dudak/damaklı çocuklar ve annelerinde ve kontrol grubu çocuklar ve annelerinde polimeraz zincir reaksiyonu fragment uzunluğu polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemi kullanılarak incelendi. DNA fragmentleri, kesim işleminden sonar agaroz jelde görüntülendi.Bulgular: Polimorfik yapılardan Ala588Thr karşılaştırmasında, yarık dudak/damaklı çocuklar ve anneler ile kontrol grubu çocuklar ve anneleri arasında fark gözlenmemiştir. Pro582Ser karşılaştırmasında ise; anne ve çocuk genotiplerinin kontrol gruplarıyla karşılaştırılmasında farklılıklar görülmüştür (P=0.034 ve P=0.023, sırasıyla). Alell karşılaştırmalarında, yarık dudak/damaklı çocukların anneleri ile kontrol grubu anneleri arasında fark gözlenmiştir (P=0.001). Çocuklardaki allel karşılaştırmalarında da, annelerdeki kadar yüksek olmasa da fark görülmüştür (P=0.026).Sonuç: HIF1A proteinindeki Prolin aminoasitlerinin değişimine neden polimorfizmler, HIF1A proteininin aktivitesini veya ömrünü etkiliyor ve yarık dudak/damak oluşunda rol alıyor olabilir.