Yazar "Budak, Hatice" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 6 / 6
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Anne sütünün NMR 1/T1 oranının zaman bağlılığının saptanması ve rölaksasyon mekanizmasının açıklanması(2018) Budak, Hatice; Çelik, SalihBu çalışmada anne sütünün Tj_ rölaksasyon mekanizmasının zamanla nasıl değiştiğini açıklamak için, doğum öncesi ve sonrası dönemlere ait anne sütünün 1/Tı oranlarının laktasyon peryotlarına bağlılığı incelenmiştir. Ölçümler 60 MHz de çalışan FT-NMR spektrometresi kullanılarak Inversion Recoveri ve Null metoduyla yapılmıştır. l/Ti oranının kolostrumdan olgun süte doğru laktasyon dönemleri süresince azaldığı gözlenmiştir. tyTı deki bu azalma, sütteki total protein ve paramanyetik iyonun (özellikle Fe+°) konsantrasyonunun azalmasına paralel olduğu düşünülmektedir. Ayrıca olgun anne sütüne çeşitli konsantrasyonlarda karıştırılan paramanyetik iyonların ( Cu+2, Zn+2, Fe+2, Fe+^ ) sütün l/Tj oran mm etkileri iyon konsantrasyonuna bağlı olarak incelenmiştir, olgun anne sütünün 1/Tı oranının paramanyetik iyonların eklenmesinden önceki ve sonraki değerlerinden proton rölaksivitesi hesaplanmıştır. Proton rölaksivitesi Fe+^ iyonu için anlamlıca, diğer iyonlar için çok küçük bulunmuştur. Bundan dolayı sütün 1/T^ oranına iyon katkısının yalnızca Fe+3 iyonundan gelebileceği sonucuna varılmıştır. Fe+° iyonu varlığında bu işlemler yapılırken fizyolojik pH da (pH*3? civarı) 1/T^ oranının küçük olduğu pH=2'ye indirilirken bu oranın oldukça büyüdüğü gözlenmiştir.Öğe Determination of the effective correlation time modulating 1H NMR relaxation processes of bound water in protein solutions(Elsevier Science Inc, 2008) Yilmaz, Ali; Budak, Hatice; Ulak, F. SadanThe relaxation in protein solutions has mainly been studied by nuclear magnetic relaxation dispersion (NMRD) techniques. NMRD data have mostly been analyzed in terms of fast chemical exchange of water between free water and water bound to proteins. Several approaches were used for the estimation of correlation time modulating the relaxation mechanism of bound water. On the other hand, in a nuclear magnetic resonance experiment, the relaxation rates of protein solutions (1/T-1 and 1/T-2) and also those of free water (1/T-1f and 1/T-2f) are measurable. However, the relaxation rates of bound water (1/T-1b and 1/T-2b) are not. Despite this, equating (1/T-1-1/T-1f)/2(1/T-2-1/T-2f) to (1/T-1b)/2(1/T-2b) leads to an expression involving only an effective T that is related to the rotational correlation time (tau(r)) of proteins. Equating the ratios may therefore give a simple alternative method for the determination of tau(r) even if this method is limited to a single resonance frequency. In this work, a formula was derived for the solution of the effective tau. Then, the 1/T-1 and 1/T-2 in solutions of two globular proteins (lysozyme and albumin) and one nonglobular protein (gamma-globulin) were measured for different amounts of each protein. Next, the values of 1/T-1 and 1/T-2 were plotted vs. protein concentrations, and then the slopes of the fits were used in the derived equation for determining the effective tau values. Finally, the rotational correlation time tau(r), calculated from tau, was used in the Stokes-Einstein relation to reproduce relevant radii. The effective tau values of lysozyme, albumin and gamma-globulin were found to be 5.89 ns, 7.03 ns and 8.8 its, respectively. tau(r) values of albumin and lysozyme produce their Stokes radii. The present data suggest that use of the measurable ratio in the derived formula may give a simple way for the determination of the correlation times of lysozyme and albumin. (C) 2008 Elsevier Inc. All rights reserved.Öğe The effective correlation time ? in jaw cysts determined from 400 MHz NMR T1 and T2 measurements(Ios Press, 2006) Budak, Hatice; Koeylue, M. Zafer; Yilmaz, U. NezihMacromolecular crowding is a general phenomenon of biological systems, and the evaluation of a correlation time for a specific molecule is difficult when the molecular crowding exists. The determination of an effective correlation time may therefore give useful insights into molecular dynamics of such systems. In this work, the relaxation rates in the mixture of D2O (80%) and cystic fluid (20%) were measured with a NMR operating at 400 MHz for three types of cysts (non-infected radicular, infected radicular and hemorrhagic). The effective correlation times (tau values) were then determined by using a formula derived from the observed relaxation rates. The tau value of the infected cyst was found to be longer than those of the others for the studied cases. The present data suggest that an effective correlation time for fluids with macromolecular crowding can be determined from NMR relaxation measurements.Öğe Estimation of ? value in proton NMR relaxation times of dibenzo diaza 18-crown-6 ether derivative in solution(Elsevier Science Bv, 2006) Yilmaz, Ali; Koylu, M. Zafer; Budak, HaticeSpin-lattice (T-1) and spin-spin (T-2) relaxation times of seven peaks in dibenzo diaza 18-crown-6 ether derivative were measured at 300K with a Bruker 400 MHz NMR spectrometer. An equation was derived for correlation time tau from the ratio of the (1/T-1)/2(1/ T-2) using relaxation formulas pertaining to dipolar interactions. The correlation time was calculated from the equation for each peak using experimental data for (1/T-1)/2(1/T-2) ratio. The estimated tau values ranged from 0.7 ns to 2 ns. The similarity of T values of the peaks belonging to the different parts of the molecule suggested that overall molecular tumbling may be responsible for relaxation mechanism of all the groups. (c) 2006 Elsevier B.V. All rights reserved.Öğe Manyetik rezonans yöntemi ile serum demir ve total demir bağlama kapasitesinin ( TDBK ) saptanması(1993) Budak, Hatice; Kavak, Gülten; Yılmaz, AliManyetik Rezonans Görüntüleme (MRG) yöntemi ile serum demir ve total demir bağlanma kapasitesini tayin etmek için ilkin askorbik asitten etkilenmeyen paramanyetik iyonların tespiti yapıldı. Bu amaçla çeşitli paramanyetik iyonlar eklenen suyun Tl durulması askorbik asit eklenmeden önce ve sonra ölçüldü. Mn(II) iyonlarının askorbik asitten etkilenmediği ve serumda en uygun durulma kısaltıcısı olarak kullanılabileceği belirlendi. MRG ile yapılacak deneylere hazırlık olmak üzere, 0.090 mM mangan ihtiva eden normal ve demir eksikliğine sahip serumlarının pH' sı fosforik asit yardımı ile 2 ye ayarlandı ve bu serumların T1 değerleri askorbik asit eklenmeden önce ve sonra NMR ile ölçüldü. T1 ölçümünde sıfır(null) yöntemi kullanıldı ve rölaksivite formülünden demir ve TDBK değerleri saptandı. Hesaplanan deniir değerlerinin klasik yöntemlere uygun olduğu belirlendi. NMR da saptanan deneysel parametreler (kısa puls tekrarlama zamanı v.s.) esas alınarak ve örneklerin prop içindeki konumları askorbik asit eklenmeden önce ve sonra aynı tutularak, benzer deneyler MRG ile ve T1 ve T2 ölçülerek tekrarlandı. T1 ölçümlerinde inversion recovery ve spin echo'nun karışık puls adımlan ve T2 ölçümlerinde Spin-echo adımları kullanıldı. Sonuçlar, MRG ilede serum demirinin saptanabileceğini kuvvetle önermektedir .Öğe Temperature dependence of NMR T1 relaxation of dibenzo diaza 18-crown-6 ether derivative in solution(Asian Journal Of Chemistry, 2007) Koylu, M. Zafer; Budak, HaticeSpin-lattice relaxation times in one of dibenzo diaza 18-crown-6 ether derivative were measured vs. increasing temperature. The relaxation times (In T-1) were fitted vs. I/T over a temperature range of 313-277 K. A linear relationship with a negative slope was found for each peak. The present data suggest that In T, is nearly linearly proportional to I/T. The data also suggest that dipole-dipole interaction, modulated by whole molecular tumbling, is the source of relaxation.
