Yazar "Aygün, Hüsamettin" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 3 / 3
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Adsorption performance of Bacillus licheniformis sp. bacteria isolated from the soil of the Tigris River on mercury in aqueous solutions(Taylor and Francis Ltd., 2022) Baran, Mehmet Fırat; Yıldırım, Ayfer; Acay, Hilal; Keskin, Cumali; Aygün, HüsamettinMercury is known to be one of the most toxic heavy metals in the environment and is released into the water systems in significant quantities through natural events and industrial process activities. Many chemical materials are used as adsorbents in the removal of toxic metals from the environment and wastewaters. However, using microorganisms as bio-sorbents instead of chemical materials has become common recently due to their low cost, easy availability and presence in nature. In this study, Bacillus licheniformis in the soil isolated from the Tigris River was used as bio-sorbent. The mercury (Hg(II)) absorption behaviour of Bacillus licheniformis bacteria (BLB) was investigated using inductively coupled plasma mass spectrometry. The effects of equilibrium of adsorption time, temperature, adsorbent dosage and pH on the adsorption of Hg (II) onto BLB were determined. The maximum adsorption capacity of Hg (II) onto BLB was determined as 82.12 mg/g (T = 25°C, pH 5, Co = 50 mg/L, m = 25 mg). The BLB was characterised using Fourier transform infrared spectroscopy analysis, thermal gravimetric analysis/differential thermal analysis, scanning electron microscopy analysis and energy-dispersive X-ray spectroscopy analysis. In addition, pseudo-first-order and pseudo-second-order kinetic models were applied. The equilibrium data for the adsorption of Hg(II) onto BLB were examined by the Langmuir and Freundlich isotherm models. The activation energy was calculated using the pseudo-second-order rate constant. These results suggested the BLB can be used as an efficient adsorbent for the removal of Hg(II) metal ions from wastewater. When the results of bio-sorption studies were examined, it was found that the bio-sorbent could be reused easily. The present study suggests that microorganism bio-sorbents are useful for the efficient removal of mercury from aqueous solutions.Öğe Bazı Bacillus izolatlarının 16s rDNA bölgelerinin moleküler ve biyoinformatik karakterizasyonu(2016) Aygün, Hüsamettin; Uyar, FikretCanlılar sınıflandırılırken morfolojik ve biyokimyasal verilerin moleküler veriler ile desteklenmesi gerekmektedir. İki canlının yatay gen transferi veya konvergent evrim gibi olaylar nedeniyle de benzer özellikleri paylaşabilmesi canlıları sınıflandırmada morfolojik ve biyokimyasal verilerin çok da yeterli ve güvenilir olmadığını gösterir. Bu nedenle morfolojik ve biyokimyasal verilerin moleküler verilerle de desteklenmesi doğru bir sınıflandıma açısından son derece önem taşır. Moleküler yaklaşımlar özellikle bakteriyel taksonomide oldukça faydalı olmaktadır. Doğadaki bakteriyel çeşitliliğin büyük bir kısmını oluşturduğu düşünülen, kültüre alınamayan ( veya zor büyüyen) bakterilerin varlığı göz önüne alındığında moleküler temelli yaklaşımların önemi daha iyi anlaşılır. Ayrıca fenotipik yaklaşımların kimi zaman yetersiz kaldığı klinik tanı ve teşhis yöntemlerinde 16S rDNA gibi moleküler yaklaşımlara son dönemde sıkça başvurulmaktadır. Bakteriyel moleküler taksonomide en çok kullanılan yöntemlerden biri 16S rDNA sekans analizidir. Son zamanlarda bakteriyel teşhiste bazı protein genleri de kullanılmasına rağmen, 16S rRNA geninin (rDNA) bakteriler arasında evrensel olarak bulunması onu bakteriyel taksonomi için vazgeçilemez bir unsur haline getirmiştir. Yaptığımız çalışmada daha önce morfoljik ve biyokimyasal yöntemlere göre cins ve tür düzeyinde teşhis edilmiş Bacillus izolatlarını 16S rDNA bölgelerinin sekans analizi ile değerlendirdik. 16S rDNA bölgelerinin sekans analizi sonuçları gen bankasındaki verilerle %99-100 oranında homoloji gösterdi. Bu sonuçlar, fenotipik verilere göre Bacillus megaterium, Paenibacillus polymyxa, Bacillus thuringiensis ve beş tanesi B. subtilis'in üyesi olarak belirlenmiş olan sekiz izolatın tür düzeyini doğruladı. Ayrıca bu verilerden yola çıkarak bu izolatlar arasındaki filogenetik ilişkiler de belirlendi. Anahtar Kelimeler: 16S rDNA, PCR, Bacillus, Yatay gen transferi, Konvergent evrimÖğe BMSM (Broth Mixing Sterile Mucosal Content) ortamında gelişen Crohn hastalığı ile ilişkili Adherent-Invasive Escherichia coli (AIEC) ırkının Adeziv ve Invaziv özelliklerinin karşılaştırılması(2017) Aygün, Hüsamettin; Uyar, FikretŞu ana kadar Crohn hastalığının gelişiminde rol alan faktörlerden biri olan bağırsak florası içinde hastalığın birçok karakteristiğiyle uyumlu patojen özellikleriyle Crohn hastalığına genetik olarak yatkın bireylerde spesifik hasara neden olan en olası ırk Adherent-Invasive Escherichia coli ırkıdır. Bununla birlikte bu ırk sağlıklı bireylerde de bulunduğundan genellikle bir patobiyont olarak kabul edilir. Ayrıca ırka özgü moleküler hedefler henüz mevcut olmadığından bu ırkın sağlıklı mukozadaki yerleşim yerini belirlemek mümkün değildir. Şüphesiz ırkın sağlıklı intestinal mukozadaki yerleşim yerinin belirlenmesi ırkın hastalığın gelişimindeki rolüyle ilgili önemli veriler sunacaktır. Çalışmamızda farklı zamanlarda kullandığımız FVB/N ve Balb/c farelerine ait kolon (CR) ve ileum (IR) bölgelerinden elde ettiğimiz mukozal içerikleri ve hücre kültür ortamını veya Luria-Bertani (LB) ortamını belli oranlarda içeren, Broth Mixing Sterile Mucosal Content (BMSM) ortamlarını oluşturduk. Böylelikle hem bu BMSM ortamlarını içeren hücre enfeksiyon deneyleri yoluyla LF82’nin adeziv/invaziv özelliklerini karşılaştırarak hem de LF82’nin BMSM ortamlarındaki bakteriyel kültürünü yaparak AIEC ırkı, LF82’nin sağlıklı intestinal mukozadaki yerleşim yeri ile ilgili ipuçları elde etmeyi amaçladık. I-407 hücre hattının kullanıldığı invazyon ve adezyon deneylerine ait sonuçlar her iki fare ırkında da genellikle benzerdi ve birbirini doğruladı. Sonuçlar bağırsak sisteminin farklı kısımlarından hazırlanmış her bir BMSM ortamında, LF82’nin üreme ve adeziv/invaziv özellikler bakımından oldukça farklı davranışlar sergilediğini gösterdi. Üstelik bu farklılıklar genellikle IR bölgesinden hazırlanan BMSM ortamında CR bölgesinden hazırlanan BMSM ortamına göre daha güçlü ve anlamlıydı. 3 saatlik hücre enfeksiyon periyodundan sonra, IR bölgesinden hazırlanan BMSM ortamını içeren hücre kültür ortamı, LF82’nin adezyonunu inhibe etti ve gentamisin uygulamasını takiben 1 saatlik ek hücre inkübasyon periyodundan sonra bu ortam LF82’nin invazyonunu da güçlü bir şekilde inhibe etmişti. Bu BMSM ortamında hücre yüzeyine yapışan LF82 oranı kontrole göre neredeyse yarı oranlardayken, intraselüler LF82 oranı, kontroldeki intraselüler LF82 oranı %100 kabul edildiğinde %5’ten daha azdı. Bakteriyel kültür sonuçlarına göre ise her iki bölgeye ait BMSM ortamında da LB ortamına göre daha yüksek bir bakteri üremesi görüldü. Üstelik IR bölgesinden hazırlanan BMSM ortamının, LF82’nin üreme kabiliyeti bakımından en iyi ortam olduğunun gözlenmesi ilginçti. Keza bir gecelik inkübasyondan sonra LB ortamıyla karşılaştırıldığında, bakteri bu ortamda ortalama iki katı sayıda üredi. Sonuç olarak özgün bir yaklaşımla gerçekleştirdiğimiz bu çalışma, sağlıklı intestinal mukozada kolon yerine ileumun, AIEC ırkı, LF82 için daha olası bir yerleşim yeri olduğuna dair önemli ipuçları sundu. Anahtar Kelimeler: AIEC, LF82, Crohn Hastalığı, Broth Mixing Sterlie Mucosal Content (BMSM), Adezyon, İnvazyon.
