Yazar "Kurt, Murat" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • [ X ]
    Öğe
    Designing new drug candidates as inhibitors against wild and mutant type neuraminidases: molecular docking, molecular dynamics and binding free energy calculations
    (Taylor & Francis Inc, 2023) Kurt, Murat; Ercan, Selami; Pirinccioglu, Necmettin
    Influenza virus is the cause of the death of millions of people with about 3-4 pandemics every hundred years in history. It also turns into a seasonal disease, bringing about approximately 5-15% of the population to be infected and 290,000-650,000 people to die every year. These numbers reveal that it is necessary to be on the alert to work towards influenza in order to protect public health. There are FDA-approved antiviral drugs such as oseltamivir and zanamivir recommended by the World Center for Disease Prevention. However, after the recent outbreaks such as bird flu and swine flu, increasing studies have shown that the flu virus has gained resistance to these drugs. So, there is an urgent need to find new drugs effective against this virus. This study aims to investigate new drug candidates targeting neuraminidase (NA) for the treatment of influenza by using computer aided drug design approaches. They involve virtual scanning, de novo design, rational design, docking, MD, MMGB/PBSA. The investigation includes H1N1, H5N1, H2N2 and H3N2 neuraminidase proteins and their mutant variants possessing resistance to FDA-approved drugs. Virtual screening consists of approximately 30 thousand molecules while de novo and rational designs produced over a hundred molecules. These approaches produced three lead molecules with binding energies for both non-mutant (-34.84, -59.99 and -60.66 kcal/mol) and mutant (-40.40, -58.93, -76.19 kcal/mol) H2N2 NA calculated by MM-PBSA compared with those of oseltamivir -25.64 and -18.40 respectively. The results offer new drug candidates against influenza infection. Communicated by Ramaswamy H. Sarma
  • Küçük Resim
    Öğe
    Hesaplamalı kimya destekli anti-influenza nöraminidaz ilaç tasarımı
    (Dicle Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Kurt, Murat; Pirinççioğlu, Necmettin; Ercan, Selami
    İnfluenza, halk arasında grip olarak bilinen, influenza virüslerinin sebep olduğu, bulaşıcı ve ölümcül bir hastalıktır. İnfluenza virüsü tarihte her yüz yılda yaklaşık 3-4 pandemi, 4-5 epidemi, oluşturarak milyonlarca insanın ölümüne sebep olmuştur. Kolayca mutasyon geçiren ve pek çok konağa adapte olmuş bu virüs mevsimsel bir hastalığa da dönüşerek her sene nüfusun yaklaşık %5-15'inin enfekte olmasına, üç-beş milyon insanın şiddetli hastalık geçirmesine, 290.000-650.000 insanın ise ölmesine sebep olmaktadır. Bu sayılar halk sağlığını koruma açısından influenzaya karşı her zaman tetikte ve çalışma içinde olmamız gerekliliğini ortaya koymaktadır. İnfluenzaya karşı geliştirilen FDA onaylı Tamiflu® (Oseltamivir -OSC), Relenza™ (Zanamivir -ZMR) gibi antiviral ilaçlar vardır. Ancak yakın zamanda görülen kuş gribi ve domuz gribi gibi salgınlarından sonra artan çalışmalarda grip virüsünün bu ilaçlara karşı direnç kazandığı anlaşılmıştır. Bu çalışmamızda bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemleri (sanal tarama, de novo dizayn, rasyonel dizayn, dock, moleküler dinamik, MM-PB(GB)/SA) kullanılarak grip virüsünün yüzey glikoproteinlerinden olan nöraminidaz inhibitörü olabilecek potansiyele sahip moleküller bulunmaya çalışılmıştır. Bu amaçla son yüzyılda insanlarda pandemiye sebep olan influenza A virüsü alt tiplerinden H1N1, H5N1, H2N2 ve H3N2 nöraminidaz proteinleri ve bunların FDA onaylı ilaç moleküllerine (OSC ve ZMR) karşı direnç geliştirmiş mutant varyantları hazırlanmış ve bu sekiz protein hesaplamalarda reseptör olarak kullanılmıştır. Sanal tarama ile belirlenen yedi binden fazla molekül veya denovo dizayn ve rasyonel dizayn ile tasarlanan yüzden fazla molekül potansiyel NAI etkinliğini denemek için bu reseptörlere karşı denenmiştir. Dock skorları, moleküler dinamik hesaplamarı ve MM-PB(GB)/SA skorlarına göre, özellikle vo1, f01 ve r84 olarak kodladığımız moleküllerin tüm proteinlerde başarılı sonuçlar verdiği bulunmuştur. Örneğin MM-PB(GB)/SA ile hesaplanan bağlanma serbest enerjisi karşılaştırmalarında mutant olmayan 3TIA proteini OSC kompleksi için bağlanma serbest enerjisi -25,64 kcal/mol iken aynı proteinin r84, f01, vo1 molekülleriyle oluşturduğu komplekslerde bu enerji sırasıyla -34,84; -60;66; -59,99 kcal/mol olarak bulunmuştur. Aynı şekilde mutant 3TIA proteini OSC kompleksi için bağlanma serbest enerjisi -18,40 kcal/mol iken mutant 3TIA proteini r84, f01, vo1 molekülleriyle komplekslerinde bu enerji sırasıyla -40,40; -58,93; -76,19 kcal/mol olduğu bulunmuştur. Bu çalışmada rasyonel tasarlanan r84 molekülüyle ilgili bölüm ayrıca detaylı açıklanmıştır.