Yazar "Kaplan, Alevcan" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 10 / 10
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Anatolian medicinal plants as potential antiviral agents: bridging traditional knowledge and modern science in the fight against COVID-19 and related viral infections(TUBITAK, 2024) Tilkat, Engin; Jahan, Israt; Hoşer, Ayşe; Kaplan, Alevcan; Özdemir, Oğuzhan; Onay, AhmetThe severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was the cause of the coronavirus 2019 (COVID-19), commonly known as the coronavirus pandemic. Since December 2020, COVID-19 vaccines have been extensively administered in numerous countries. In addition to new antiviral medications, the treatment regimen encompasses symptom management. Despite sustained research efforts, the outbreak remains uncontrolled, with affected patients still lacking proper treatment. This review is a valuable asset for researchers and practitioners aiming to delve into the yet unexplored potential of Anatolian flora in the fight against COVID-19 and other viral infections. Numerous medicinal plants in Anatolia, such as thyme, sage, cannabis, oregano, licorice root, and Origanum sp., contain bioactive compounds with proven antiviral properties that have been used in the region for centuries. The rich legacy of traditional Anatolian medicine (TAM), has significantly influenced modern medicine; thus, the profusion of medicinal plants native to Anatolia holds promise for antiviral drug development, making this review essential for researchers and practitioners.Öğe Determination of enzyme inhibition potential and anticancer effects of pistacia khinjuk stocks raised in in vitro and in vivo conditions(MDPI, 2021) Tilkat, Emine Ayaz; Batıbay, Hayri; Yener, İsmail; Yılmaz, Pelin Köseoğlu; Akdeniz, Mehmet; Kaplan, Alevcan; Ercişli, Sezai; Ertas, Abdulselam; Holubec, VojtechIn this study, antihypertensive, anticholinesterase, antiurease, antityrosinase and antielastase enzyme inhibition and anticancer activities of in vivo (male and female) and in vitro samples (root, stem and leaf parts) of the Pistacia khinjuk Stocks were investigated comparatively. In this context, in vitro shoot cultures were obtained from germinated mature seeds. Then, the juvenile shoots were proliferated in Murashige and Skoog (MS) medium supplemented with 1 mg/L 6-Benzylaminopurine (BAP). In terms of anticancer activity, the whole of the samples studied was found to have apoptotic effects against MCF-7 (breast cancer) and HT-29 (colon cancer) cell lines. The extracts obtained from in vivo female root parts showed better cytotoxicity than all the other tested extracts on MCF-7 (IC50: 31.86 +/- 1.40 mu g/mL) and HT-29 cell series (IC50: 59.60 +/- 0.69 mu g/mL). Even though all the samples showed a strong butyrylcholinesterase enzyme inhibition (BChE) activity, it was detected that none of the samples had shown acetylcholinesterase enzyme inhibition (AChE). It was also determined that in vivo leaf samples of female trees had the highest BChE activity (Inhibition%: 75.20 +/- 1.50). All the samples showed a low-moderate level of urease and tyrosinase enzyme activity, while in vivo samples showed a significant level of the elastase enzyme activities (Inhibition%: 58.72 for female root extracts; 58.25 for female leaf extracts, at 50 mu g/mL concentration), and they were more active than the standard oleanolic acid (Inhibition%: 39.46 +/- 0.52). The antihypertensive activities as the inhibition of angiotensin I-converting enzyme (ACE) of in vivo samples (Inhibition%: 95.88 for female stem extracts; 95.18 for female root extracts) were detected as close to the standard (Inhibition%: 96.64 +/- 1.85) used. In general, it can be stated that in vivo samples had higher biological activities compared to in vitro ones. Consequently, according to our results, it was concluded that in vitro stem parts of khinjuk pistachio could also be evaluated as an alternative new antihypertensive, antielastase and anticancer agent source.Öğe Effects of Salt Stress on Morpho-Physiological and Biochemical Characters of Lentisk (P. lentiscus L.)(Uğur ÇAKILCIOĞLU, 2019) Tilkat, Emine Ayaz; Kaplan, Alevcan; Tilkat, Engin; Bağlamış, Gurbet; Onay, AhmetAmong abiotic stresses salinity is the most detrimental factor in limiting crop productivity. In this study, the effect of different sodium chloride (NaCl) concentrations (0, 50, 100, 150, 200, 250 mM) on growth and physiological parameters of Pistacia lentiscus L. seedlings raised in in vitro condition for 4 weeks was investigated. For this purpose the seeds of Lentisk were germinated in Murashige and Skoog, (1962) basal mediums containing different NaCl concentrations. The morphological, physiological and biochemical changes that occurred in the seedlings were measured and recorded after exposure to salt stress. These results show that visible leaf damage of Lentisk seedlings are affected by high salt concentrations. High salinity concentrations significantly reduce root and stem lengths, relative water content (RWC), total chlorophyll, Cl-a, Cl-b and carotenoid values after the culture periods. At 250 mM salt concentration, root and stem growth were found to be completely stopped. The parameters over the 50 mM salt concentrations caused in decrease in the activity of the antioxidant enzyme peroxidase (POD).Öğe Effects of Various Inhibitors on ?-galactosidase Purified from the Thermoacidophilic Alicyclobacillus acidocaldarius Subsp Rittmannii Isolated from Antarctica(Korean Soc Biotechnology & Bioengineering, 2011) Guven, Reyhan Gul; Kaplan, Alevcan; Guven, Kemal; Matpan, Fatma; Dogru, Mehmetbeta-Galactosidase purified from the thermoacidophilic Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. rittmannii isolated from Antarctica is a member of the GH42 family. The enzyme was not effected by various concentrations of its reaction product glucose, but was greatly inhibited by the other reaction product galactose using both substrates, ONPG and lactose. Linewever-Burk plot analysis derived from both ONPG and lactose hydrolysis results showed that galactose is a mixed-type inhibitor of the purified beta-galactosidase. The enzyme was slightly activated by Mg(2+) (13% at 20 mM), while inhibited at higher concentrations of Ca(+2) (33% at 10 mM), Zn(+2) (86% at 8 mM) and Cu(+2) (87% at 4 mM). The enzyme activity was not significantly altered by the metal ion chelators EDTA and 1,10-phenanthroline up to 20 mM, indicating that this enzyme is not a metalloenzyme. 2-Mercaptoethanol and DTT were found to enhance beta-galactosidase activity, while p-chloromercuribenzoic acid (PCMB) completely inhibited enzymatic activity (97% at 1 mM; 99.7% at 2 mM), indicating at least one essential Cys residue modified by the reagents in the active site of beta-galactosidase. Iodoacetamide and N-ethylmaleimide had little effect on the beta-galactosidase. Phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF) inhibited the enzyme strongly (19.8% at 1 mM; 71.9% at 10 mM), also showing the participation of serine for enzyme activity.Öğe Güneydoğu Anadolu bölgesinde yetişen Vicia L. (Fabaceae) cinsinin morfolojik ve moleküler revizyonu(Dicle Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2014) Kaplan, Alevcan; Ertekin, A. SelçukBu çalışma, Güneydoğu Anadolu Bölgesinde yetişen Vicia L. cinsine ait türler üzerine yapılmıştır. Cins içinde yer alan taksonların örnekleri üzerinde morfolojik ve moleküler (DNA dizi analizleri) çalışmalar yapılmıştır.2013- 2014 yılları arasında, yapılan arazi çalışmaları ile araştırma örnekleri olarak yaklaşık 580 adet örnek toplanmış ve üzerinde gerekli çalışmalar yapılmıştır. Ayrıca bu çalışma ile bölgede yayılışı bilinmeyen, V. monantha Retz. subsp. monantha Retz. ve endemik bir tür olan V. caesarea Boiss. & Bal. tespit edilmiştir. Davis & Plitmann'a (1970) göre bölgede yaklaşık 30 takson yetişmektedir çalışmamızla birlikte bu sayı 36 takson olarak değiştirilmiştir.Morfolojik çalışmalarda, yaprak, çiçek, meyve ve tohum gibi yaklaşık 50 karakter incelenerek ölçümleri gerçekleştirilmiştir. Morfolojik çalışmalar sonucunda taksonların benzerlik ve farklılıkları ortaya çıkarılarak detaylı bir envanter elde edilmiştir. Buna ilaveten coğrafik ve ekolojik dağılım haritalı bu çalışma ile cinsin bölgesel yayılışı yeniden düzenlenmiştir. Bölgesel ölçekte türlerin tehlike kategorileri belirlenmiştir. Çalışma alanındaki cinse ait bireyler için görülebilecek ana tehdit unsurları; aşırı otlatma ve bilinçsiz arazi açma olarak belirlenmiştir.Seksiyon ve tür anahtarları hazırlanmıştır. Taksonların sinonimleri, tip örnekleri, güncellenmiş tanımlamaları, çiçeklenme zamanları, fitocoğrafyası, endemik olup olmadıkları, adresleri ve fotoğrafları verilmiştir.Moleküler çalışmalarda, Lefort ve ark. (1998) metodu kullanılarak, Vicia L. taksonları iç grup olarak ve Lathyrus L. taksonlarından Lathyrus inconspicuous L. ve Lathyrus cassius Boiss. türleri dış grup olarak seçilerek gDNA izolasyonu yapılmıştır. Literatürlerde sıklıkla kullanılan güvenilirliği kanıtlanmış ITS (Internal Transcribed Spacer) nükleer ribozomal DNA (nrDNA) bölgesinin dizileri ve trnL (Transfer Ribonucleic Acid Leucine) kloroplast DNA (cpDNA) bölgesinin dizilerinin moleküler işaretleyici olarak kullanılmasıyla Vicia L. cinsine ait Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde yetişen taksonlarının morfolojik ve moleküler filogenetik analizleri yapılmıştır. Moleküler evrimsel analizler için Mega version 5.1 Beta 2 programı uygulanmıştır. Çalışmaların sonucunda, daha çok polimorfik bölge içeren ITS bölgesinin analizi ile oluşturulan ağaçların, trnL bölgesine göre oluşturulan ağaçlardan sistematik açıdan daha güvenilir sonuçlar verdiği ortaya çıkmıştır. Bununla birlikte trnL bölgesi birbirine çok yakın olan türlerin ayrımını başarı ile gerçekleştirmiştir. Yapılan morfolojik ayrımlar DNA sekans çalışmalarıyla desteklenmiştir.Öğe Influence of in vitro micropropagation growth conditions on stomatal and morphological characteristics of mature Pistacia vera L.(Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2020) Tilkat, Emine Ayaz; Tilkat, Engin; Hoşgören, Hülya; Kaplan, AlevcanThis research was conducted to reveal the stomatal anatomy, stomatal index and water loss (%) of mature pistachio leaves as well as the leaves of different phases (multiplication, rooting, hardening and regenerated plant) of micropropagation of mature pistachio trees obtained from the in vitro. Microscopic observations on surfaces of these leaves showed variety from elliptical to ovate stomata with length of 0.81-2.02 μm and width of 1.58-3.80 μm. An increase in stomatal index (SI) in the leaves of plants grown in vitro was observed most specifically in the hardening phase. (17.49±0.04). The stomatal index declined in the leaves of plantlets transferred to in vivo conditions subsequent to the hardening phase. In order to measure water loss, leaves obtained from all types of samples were dried in the oven between 30 minutes and 2 hours and weighed. The percent water loss of in vitro leaves of multiplication phase was greater than the other phases. The stomatal differentation was found to be influenced by the different hardening regimes applied. Hardening by covering the pots with polyethylene bags improved the survival rate. This study indicates that optmization of in vitro micropropagation stages is necessary to avoid transplantation stress.Öğe LC-HRMS Profiling of Phytochemicals with Assessment of Antioxidant, Anticholinesterase, and Antimicrobial Potentials of Astragalus Brachystachys DC(Wiley-V C H Verlag Gmbh, 2024) Ersoy, Ezgi; Boga, Mehmet; Kaplan, Alevcan; Kara, Emel Mataraci; Ozkan, Esra Eroglu; Kayiran, Serpil DemirciAstragalus species are ubiquitous in the pharmacopeia of numerous countries, signifying their widespread medicinal applications. T & uuml;rkiye is esteemed as one of the principal epicenters of diversity for this genus with 483 taxa, and many of these plants have been traditionally utilized for diseases including coughing, diabetes, cardiovascular disorders, and aches. Although there is a considerable body of chemical and biological research available on several Astragalus species, studies focusing on Astragalus brachystachys DC are exceedingly rare. In this context, This study provides the first comprehensive report on this medicinal plant the chemical constituents and biological activities of an important medicinal plant, Astragalus brachystachys DC. The aerial part samples were collected from Adana, T & uuml;rkiye, and an ethanol extract was prepared with these parts. The secondary metabolites of the extract were determined by an LC-HRMS analysis. The LC-HRMS analysis showed the presence of 39 different constituents, hyperoside (303.419 +/- 10.50 mu g/g extract), p-coumaric acid (256.975 +/- 8.51 mu g/g extract), and rutin (72.684 +/- 2.23 mu g/g extract) were determined as major compounds in the aerial parts ethanol extract. Attributed to its high total phenolic (58.53 +/- 1.30 mu g PEs/mg extract) and total flavonoid content (29.98 +/- 0.83 mu g QEs/mg extract), the extract demonstrated strong antioxidant activity according to three different assays namely DPPH free (IC50: 33.08 +/- 0.61 mu g/mL), and ABTS cation radical scavenging (IC50: 15.39 +/- 0.72 mu g/mL) and CUPRAC activity (A0.5: 36.25 +/- 0.28 mu g/mL) methods. In vitro assays showed that cholinesterase inhibitory activity results were found to be exceptional with 85.95 +/- 0.52 % inhibition on acetylcholinesterase and 66.32 +/- 1.33 % inhibition on butyrylcholinesterase at 200 mu g/mL. Regarding antimicrobial properties, Astragalus brachystachys DC extract was found to be effective against Enterococcus faecalis with a MIC value of 39.06 mu g/mL.Öğe Molecular Phylogenetic Analyses of Vicia L. (Fabaceae) Taxa Growing in the Southeastern Anatolia Region Based on Chloroplast TrnL Sequences(Uğur ÇAKILCIOĞLU, 2021) Kaplan, Alevcan; Ertekin, Alaattin Selçuk; Gündüzer, EsraIn the current study, some natural Vicia L. taxa growing naturally in the Southeast Anatolia Region were investigated from the point of view of molecular phylogenetic. For this purpose, transfer ribonucleic acid Leucine (trnL) was sequenced in order to study the phylogenetic relationships of the Vicia L. species. Lathyrus inconspicuous L. var. inconspicuous and Lathyrus cassius Boiss. were used as an outgroup. The length of the trnL area was determined approximately as 269-534 bp. The trnL sequences were submitted to the NCBI database and accession numbers received. We obtained information about the point mutations, as well as the protected and the changing characters. The taxa distinguished in the section level were separated and also grouped in terms of proximity on the phylogenetic tree (sect. Narbonensis, sect. Lathyroides, sect. Peregrinae, sect. Vicia, sect. Lentopsis). While, sect. Hypechusa, sect. Ervilia and sect. Cracca were not detailed to a great level of informativity. The data acquired were observed to be greatly reliable in terms of their ability to be used in solving taxonomical problems of the Vicia L. taxa.Öğe Some heterocycles connected to substituted piperazine by 1,3,4-oxadiazole linker: Design, synthesis, anticholinesterase and antioxidant activity(Elsevier B.V., 2025) Kurt, Zuhal Kılıç; Konyar, Dilan; Okur, Hayati; Kaplan, Alevcan; Boǧa, MehmetAD is a multifactorial neurodegenerative disease that has caused morbidity and mortality on a global scale. Currently, there are only a few drugs used in the treatment of AD. Although many compounds that aim at new targets have reached clinical trials, none have been approved. However, discovering efficient drugs for AD treatment is one of the biggest challenges for pharmaceutical research and requires strong support. In this paper, we aim to design a series of indole, benzothiophene, and thiophene bearing 1,3,4-oxadiazole linker to the piperazine basic center and evaluate for their antioxidant and inhibitory activity against both cholinesterase enzymes. Among the compounds, 6a, 7b, and 8b exhibited moderate cationic radical scavenging activities with IC50 values ranging from 20.39 to 30.10 μM. The inhibitory activity results revealed that compounds 5c (IC50 for AChE = 53.91 μM and for BChE = 55.81 μM) and 6c (IC50 for AChE = 54.42 μM and BChE = 45.82 μM) bearing 2-fluorophenyl piperazine moiety showed both AChE and BChE inhibition with moderate IC50 values. To explore the binding properties of the target compounds into the active site of the enzyme, a molecular docking study was carried out using MOE software. The docking study showed that compound 6c targeted both the catalytic active site (CAS) and the peripheral anionic site (PAS) of AChE/BChE and formed important interactions with key residues. Moreover, theoretical physicochemical properties of the best active compound 6c were calculated by the SwissADME web service. It obeyed Lipinski's rule of five and had high GI absorption (gastrointestinal absorption) and good permeating to the blood-brain barrier (BBB). The compound 6c can be considered a promising compound and provides us directions for further research of anti-AD agent development.Öğe Termofilik Bacillus licheniformis KG9'da ekstrasellüler ß-galaktozidaz enzimi üzerine çalışmalar(2015) Kaplan, AlevcanBu çalışmada Batman Taşlıdere sıcak su kaplıcasından izole edilen termofilik Bacillus licheniformis KG9'un biyoteknolojik öneme sahip ekstrasellüler ß-galaktozidaz enziminin bazı özelliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bacillus licheniformis KG9 NB besi yerinde laktozlu(%1) ve laktozsuz ortamlarda 6-96 saatler arasında kültüre alınarak zamana bağlı enzim üretimi araştırıldı. Laktozlu ortamda enzim aktivitesi 48.saatten(1.39 U/mg) başlayarak 96. saate ( 3.25 U/mg) kadar artarak devam ettiği görüldü. Laktozsuz ortamda ise enzim aktivitesinin 36.saatten(1.38 U/mg) başlayarak 96.saate(2.45 U/mg) kadar artarak devam ettiği ancak bu artışın laktozlu ortamdakine nazaran düşük olduğu görüldü. pH ve sıcaklığın ß-galaktozidaz enzimi üzerine etkisi pH 4-10 ve 30°C ile 90 °C aralığında ham enzimde hem de kısmi olarak saflaştırılan enzim solüsyonunda yapıldı. Enzimin optimum pH ve sıcaklık değerleri sırasıyla 8.0 ve 55 oC olarak bulundu. Enzim aktivitesi üzerine faklı substrat konsantrasyonlarının etkisi 0,25 -6 mM aralığında araştırıldı. En uygun substrat konsantrasyonu 3 mM olarak tespit edildi. Enzim üretimi üzerine değişik besi yerlerinin etkisi içerikleri farklı olan NB, BM1, BM2, BM3 besi yerlerinde araştırıldı. En iyi enzim aktivitesi NB besiyerinde elde edildi. Enzim üretimi üzerine %1 oranındaki farklı azot ve karbon kaynaklarının etkisi araştırıldı. Karbon kaynaklarının enzim üretimi arttırmadığı tespit edildi. Laktoz araştırılan diğer karbon kaynaklarına göre daha yüksek bir aktivite tespit edildi. Galaktoz, glukoz ve çözünebilir nişastanın ekstrasellüler enzim üretimini büyük oranda inhibe ettiği tespit edildi. Azot kaynaklarından glisin ve amonyum sülfat enzim üretimini az miktarda arttırdığı tespit edildi. Yeast ekstrakt, beef ekstrakt , pepton ve tripton'un enzim üretimini arttırmadığı tespit edildi. Enzim amonyumsülfat çöktürmesi ve diyaliz aşamasından geçirilerek kısmi olarak saflaştırıldı. Ham ekstraktta enzimin spesifik aktivite değeri 1631 U/mg, verim %100, saflaştırma katsayısı 1 iken diyaliz sonrasında sırasıyla spesifik aktivite değerinin 19030.45 U/mg , verimin %15,7 ve saflaştırma katsayısının 11,66 olarak değiştiği tespit edildi. Kısmi olarak saflaştırılan enzimin aktivitesi üzerine bazı kimyasalların, metallerin, metal şelatörlerin etkisi araştırıldı. MgCl2 8 mM'da %16 oranında ß-galaktozidaz aktivitesini arttırdığı, ZnCl2 ve CuCl2'ün 1mM'da sırasıyla%99.5 ve %93.5 oranında enzim aktivitesini inhibe ettiği, CaCI2'ün 20 mM'da enzim aktivitesini %62 oranında inhibe ettiği, metal şelatörleri olan EDTA ve 1,10-phenanthroline monohydrat'ın enzimde inhibisyona neden olmadığı tespit edildi. DTT ve ß-mercaptoethanol'un 10 mM'da sırasıyla %37 ve %24 oranında enzim aktivitesini arttırdığı, PCMB'nin 4 mM'da enzim aktivitesini %52 oranında inhibe ettiği, Iodoacetamide'in 20 mM'da enzim aktivitesini %53 oranında inhibe ettiği, PMSF ve N-ethylenemaleimide enzimde inhibisyona neden olmadığı tespit edildi. Kısmi olarak saflaştırılan enzimde gliserol ve sorbitolün dondurma-çözdürme işleminde koruyucu etkisi %1-5 konsantrasyonlarında araştırıldı. Sorbitol için en iyi koruyucu etki %5 konsantrasyonunda olduğu tespit edildi. Gliserol de ise %1'de %83, %2- %5 konsantrasyonlarında yaklaşık %90 oranında dondurma ve çözme işleminde koruduğu tespit edildi. Enzimin termal stabilitesi 50 -65 ºC sıcaklık aralıklarında araştırıldı. Enzimin aktivitesini 50 ºC 120dk. sonunda %90 oranında koruduğu, 55 ºC'de 120 dk. sonunda aktivitesini tamamı ile koruduğu, 60 ºC'de 120dk. sonunda %90 oranında koruduğu tespit edildi. 65 ºC'de ise 20 dk.'da enzimin aktivitesini tamamen kaybettiği tespit edildi. Glukoz ve galaktozun, enzim üzerinde yaptığı inhibisyon etkisi belirlendi. Glukoz ve galaktozun 2 -128 mM konsantrasyonları test edildi. Glukozun enzim üzerine ihibisyon etkisi gözlenmedi. Galaktoz'un ise 128 mM'da %97 oranında inhibisyona neden olduğu tespit edildi. Galaktoz'un inhibisyon çeşidini belirlemek amacı ile 4 mM , 16 mM , 32 mM konsantrasyonlarında ve belirli enzim konsantrasyonlarında, 1-6 mM aralığındaki ONPG konsantrasyonları kullanıldı. Galaktoz'un enzim üzerinde yarışmalı bir inhibisyona neden olduğu tespit edildi. ONPG için Km ve Vmax değerleri Lineweaver?Burk plot'a göre sırası ile 3.52 mM ve 1.602µmol/dk. olarak hesaplandı. 12- 96. saatler arasında kültüre alınan bakterilerde zamana bağlı enzim üretim oranları non-denatüre poliakrilamid jel elektroforezi ile teyit edilmiştir.
