Yazar "Güldemir, Dilek" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 2 / 2
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Boğmacanın moleküler tanısı için laboratuvar yapımı Bir PCR yönteminin geliştirilmesi ve optimizasyonu(2011) Tekin, Alicem; Esen, Berrin; Güldemir, Dilek; Akbaş, Efsun; Ötgün, Nar SelinBordetella pertussis’in etken olduğu boğmaca, her yaştan duyarlı bireyi, özellikle de çocukları etkileyen, akut, bulaşıcı bir solunum sistemi enfeksiyonu olup, ağır bir klinik tablo ile karakterizedir. Tanıda kullanılan geleneksel kültür yönteminin özgüllüğü yüksek olmasına rağmen, duyarlılığı düşüktür. Bu nedenle boğmaca tanısında duyarlı, özgül ve hızlı bir tanı yöntemine gereksinim vardır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), boğmaca tanısında son yıllarda kullanılmaya başlanan yeni bir yaklaşımdır ve kültür yönteminden daha duyarlı olduğu gösterilmiştir. Çeşitli çalışmalarda PCR için seçilen hedef gen bölgeleri arasında; pertusis toksin geni (ptxA-Pr), insersiyon sekans genleri (IS481 ve IS1001), adenilat siklaz geni, yapısal genlerden porin ve flajellin geni yer almaktadır. Bu araştırmada, ptxA-Pr ve IS481 gen bölgelerine özgül primerlerin kullanıldığı bir “in-house” PCR tanı yönteminin geliştirilmesi ve optimizasyonu amaçlanmıştır. Çalışmada, ptxA-Pr genine özgül PTp1/PTp2 primerleri ve IS481 genine özgül PIp1/PIp2 primerleri ve çeşitli standart bakteri suşlarının DNA’ları kullanılarak bir “in-house” PCR yöntemi geliştirilmiştir. Sağlıklı 45 bireyden alınan boğaz sürüntüsü ile azalan konsantrasyonlarda B.pertussis standart bakteri suşu karıştırılmak suretiyle oluşturulan “temsili nitelikte klinik örnekler” ile yöntemin duyarlılığı ve özgüllüğü test edilmiş ve optimizasyon yapılmıştır. PTp1/PTp2 primerlerinin kullanıldığı “in-house” PCR yönteminin özgüllüğünün yüksek, duyarlılığının ise düşük [34.4 cfu/Rm (koloni oluşturan ünite/reaksiyon karışımı)] olduğu görülmüştür. PIp1/PIp2 primerlerinin kullanıldığı “in-house” PCR yönteminin ise B.pertussis ile B.bronchiseptica arasında çapraz reaksiyon vermesi nedeniyle özgüllüğünün düşük olmasına rağmen, yüksek duyarlılık (1.12 cfu/Rm) gösterdiği tespit edilmiştir. Temsili nitelikteki klinik örnekler ile yapılan “in-house” PCR denemelerinden de benzer sonuçlar elde edilmiştir. Ayrıca yaptığımız eş zamanlı kültür çalışmasında, yöntemin B.pertussis saptama duyarlılığı 2 x $10^ 3$ cfu/ml olarak saptanmıştır. Çalışmamızda, IS481 genini hedef alan PCR’nin duyarlılığı yüksek bulunurken, ptxA-Pr genini hedef alan PCR’nin özgüllüğü yüksek bulunmuş; bu nedenle boğmacanın moleküler tanısında, IS481’i hedef alan PCR ile ön tanı konulması, ptxA-Pr’yi hedef alan PCR’nin de konfirmasyon amaçlı kullanılmasının uygun olacağı kanısına varılmıştır.Öğe Hastane kaynaklı enterokok izolatlarının pulsed-field jel elektroforezis yöntemiyle moleküler tiplendirilmesi(2015) Tekin, Alican; Karagöz, Alper; Dal, Tuba; Güldemir, Dilek; Özekinci, Taner; Durmaz, RızaAMAÇ: Enterokoklar hastaneden kaynaklanan üriner sistem ve yara enfeksiyonlarının ikinci, bakteriyemilerin ise üçüncü en sık nedenidir. Günümüzde, özellikle vankomisine dirençli enterokok (VRE) suşları nozokomiyal enfeksiyonlara sebep olarak morbidite, mortalite ve tedavi maliyetlerini artıran önemli patojenlerdir. Hastane kaynaklı VRE salgınlarının önlenmesi, kontrolü ve epidemiyolojik analizlerinin yapılması son derece önem taşımaktadır. Pulsed-field jel elektroforezis (PFGE) yöntemi enterokokal enfeksiyonların moleküler epidemiyolojik analizinde altın standart olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, hastane kaynaklı enterokok izolatları arasındaki klonal ilişkiyi belirlemek ve olası çapraz bulaşı ortaya koymaktır. YÖNTEMLER: Kasım 2010 - Haziran 2012 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi (DÜTF) Hastanesinin çeşitli kliniklerinde yatan ve hastane kaynaklı enfeksiyon tanısı alan hastalardan izole edilen 36 enterokok suş çalışıldı. 36 suşun 18i idrar, altısı kan, beşi bronkoalveolar lavaj (BAL), beşi yara, biri vajinal sürüntü ve biri ise kataterden izole edilmiş olup, dokuzu VRE olarak tanımlanmıştır. İzolasyon ve tanımlanan DÜTF Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarında gerçekleştirildi. Tanımlama için konvansiyonel yöntemler ve BD PhoenixTM 100 (Becton Dickinson, MD, USA) tam otomatik mikrobiyoloji sistemi kullanıldı. Enterococcus spp. suşlarının tam otomatik mikrobiyoloji sistemi ile Klinik ve Laboratuvar Standartlar Enstitüsü (CLSI) önerilerine uygun olarak antibiyotik duyarlılıkları belirlendi. İzolatların vankomisin duyarlılıkları E-test yöntemi ile de çalışıldı. Kalite kontrolü için Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşu kullanıldı. Enterokok izolatları aralarındaki çapraz bulaş oranlarını belirlemek için PFGE çalışıldı. PFGE çalışması Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Merkez Laboratuvarında gerçekleştirildi. Kromozomal DNA; SmaI enzimi ile kesildi. DNA restriksiyon fragmanları CHEF DR II (Bio-Rad Laboratories, Nazareth, Belgium) sistemi kullanılarak gösterildi. İzolatlar arasındaki klonal ilişki, BioNumerics Software Program (Applied Maths, Sinth-Martens- Latem, Belgium) kullanılarak oluşturulan dendogram ile değerlendirildi. BULGULAR: PFGE yöntemiyle izolatların DNA fragment paternleri elde edildi ve bu paternlerin dendogramı yapıldı. DNA paternlerinin birebir karşılaştırılması sonucu 26 Enterococcus faecium suşunun dört küme ve bir ana grup, 10 Enterococcus faecalis suşunun ise üç küme ve bir majör grup oluşturduğu saptandı. 26 E. faecium izolatının, %97 benzerlikle ortak aynı grupta yer aldıkları görüldü. Kümeleşme oranı %77 (20/26) olup, kümelerin 2-14 arasında suş içerdiği belirlendi. SONUÇ: Bu çalışmada, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde Kasım 2010 - Haziran 2012tarihleri arasında hastane kaynaklı enfeksiyona neden olan enterokok suşları arasında çapraz bulaş oranının yüksek olduğu gösterilmiştir. Çalışmanın sonuçları, enfeksiyon kontrol programlarının daha etkin biçimde uygulanmasının önemini ortaya koymuştur.
