Yazar "Esen, Berrin" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • [ X ]
    Öğe
    Boğmacanın moleküler tanısı için laboratuvar yapımı Bir PCR yönteminin geliştirilmesi ve optimizasyonu
    (2011) Tekin, Alicem; Esen, Berrin; Güldemir, Dilek; Akbaş, Efsun; Ötgün, Nar Selin
    Bordetella pertussis’in etken olduğu boğmaca, her yaştan duyarlı bireyi, özellikle de çocukları etkileyen, akut, bulaşıcı bir solunum sistemi enfeksiyonu olup, ağır bir klinik tablo ile karakterizedir. Tanıda kullanılan geleneksel kültür yönteminin özgüllüğü yüksek olmasına rağmen, duyarlılığı düşüktür. Bu nedenle boğmaca tanısında duyarlı, özgül ve hızlı bir tanı yöntemine gereksinim vardır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), boğmaca tanısında son yıllarda kullanılmaya başlanan yeni bir yaklaşımdır ve kültür yönteminden daha duyarlı olduğu gösterilmiştir. Çeşitli çalışmalarda PCR için seçilen hedef gen bölgeleri arasında; pertusis toksin geni (ptxA-Pr), insersiyon sekans genleri (IS481 ve IS1001), adenilat siklaz geni, yapısal genlerden porin ve flajellin geni yer almaktadır. Bu araştırmada, ptxA-Pr ve IS481 gen bölgelerine özgül primerlerin kullanıldığı bir “in-house” PCR tanı yönteminin geliştirilmesi ve optimizasyonu amaçlanmıştır. Çalışmada, ptxA-Pr genine özgül PTp1/PTp2 primerleri ve IS481 genine özgül PIp1/PIp2 primerleri ve çeşitli standart bakteri suşlarının DNA’ları kullanılarak bir “in-house” PCR yöntemi geliştirilmiştir. Sağlıklı 45 bireyden alınan boğaz sürüntüsü ile azalan konsantrasyonlarda B.pertussis standart bakteri suşu karıştırılmak suretiyle oluşturulan “temsili nitelikte klinik örnekler” ile yöntemin duyarlılığı ve özgüllüğü test edilmiş ve optimizasyon yapılmıştır. PTp1/PTp2 primerlerinin kullanıldığı “in-house” PCR yönteminin özgüllüğünün yüksek, duyarlılığının ise düşük [34.4 cfu/Rm (koloni oluşturan ünite/reaksiyon karışımı)] olduğu görülmüştür. PIp1/PIp2 primerlerinin kullanıldığı “in-house” PCR yönteminin ise B.pertussis ile B.bronchiseptica arasında çapraz reaksiyon vermesi nedeniyle özgüllüğünün düşük olmasına rağmen, yüksek duyarlılık (1.12 cfu/Rm) gösterdiği tespit edilmiştir. Temsili nitelikteki klinik örnekler ile yapılan “in-house” PCR denemelerinden de benzer sonuçlar elde edilmiştir. Ayrıca yaptığımız eş zamanlı kültür çalışmasında, yöntemin B.pertussis saptama duyarlılığı 2 x $10^ 3$ cfu/ml olarak saptanmıştır. Çalışmamızda, IS481 genini hedef alan PCR’nin duyarlılığı yüksek bulunurken, ptxA-Pr genini hedef alan PCR’nin özgüllüğü yüksek bulunmuş; bu nedenle boğmacanın moleküler tanısında, IS481’i hedef alan PCR ile ön tanı konulması, ptxA-Pr’yi hedef alan PCR’nin de konfirmasyon amaçlı kullanılmasının uygun olacağı kanısına varılmıştır.
  • [ X ]
    Öğe
    Development and Optimization of an In-House PCR Method for Molecular Diagnosis of Pertussis
    (Ankara Microbiology Soc, 2011) Guldemir, Dilek; Akbas, Efsun; Otgun, Selin Nar; Tekin, Alicem; Esen, Berrin
    Pertussis (whooping cough), caused by Bordetella pertussis is a severe, acute contagious disease of the respiratory system and it affects mostly children and also susceptible individuals of all ages. Although the conventional culture method used for diagnosis is highly specific, it has a lower sensitivity. Therefore, there is a need for a sensitive, specific and rapid method for diagnosis of pertussis. Polymerase chain reaction (PCR), introduced recently as a new approach for diagnosis of pertussis, has been shown to be more sensitive than culture method. Pertussis toxin gene (ptxA-Pr), insertion sequence genes (IS481 and IS1001), adenylate cyclase genes and structural porin and flagellin genes were chosen as targets for PCR, in different studies. This study aimed to develop and optimize a diagnostic in-house PCR method by using primers specific for ptxA-Pr and IS481 gene regions. An in-house PCR method was developed by using primer pairs of PTp1/PTp2 specific for ptxA-Pr gene and PIp1/PIp2 specific for IS481 gene and DNAs of various bacterial reference strains. Throat samples obtained from 45 healthy individuals and B.pertussis reference strain with decreasing concentrations were mixed to constitute a group of representative clinical samples and used to test and optimize sensitivity and specificity of the method. The in-house PCR with PTp1/PTp2 primers showed a very high specificity but a low sensitivity with a value of 34.4 cfu/Rm (colony forming unit/reaction mixture). Whereas, the in-house PCR with PIp1/PIp2 primers exhibited a low specificity due to cross-reactivity with B. pertussis and B.bronchiseptica but much higher sensitivity with a value of 1.12 cfu/Rm. The experiments performed with the representative clinical samples yielded similar results. Simultaneously applied cultivation studies indicated the detection limit of the PCR method as 2 x 10(3) cfu/ml. Based on our results, the PCR targeting IS481 gene had high sensitivity while the PCR targeting ptxA-Pr gene had high specificity. It was concluded that, PCR method targeting the IS481 gene might be used for pre-diagnosis and then PCR for ptxA-Pr gene might be applied for the confirmation of B.pertussis in the molecular diagnosis of pertussis.