Yazar "Akbaş, Efsun" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 1 / 1
  • [ X ]
    Öğe
    Boğmacanın moleküler tanısı için laboratuvar yapımı Bir PCR yönteminin geliştirilmesi ve optimizasyonu
    (2011) Tekin, Alicem; Esen, Berrin; Güldemir, Dilek; Akbaş, Efsun; Ötgün, Nar Selin
    Bordetella pertussis’in etken olduğu boğmaca, her yaştan duyarlı bireyi, özellikle de çocukları etkileyen, akut, bulaşıcı bir solunum sistemi enfeksiyonu olup, ağır bir klinik tablo ile karakterizedir. Tanıda kullanılan geleneksel kültür yönteminin özgüllüğü yüksek olmasına rağmen, duyarlılığı düşüktür. Bu nedenle boğmaca tanısında duyarlı, özgül ve hızlı bir tanı yöntemine gereksinim vardır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), boğmaca tanısında son yıllarda kullanılmaya başlanan yeni bir yaklaşımdır ve kültür yönteminden daha duyarlı olduğu gösterilmiştir. Çeşitli çalışmalarda PCR için seçilen hedef gen bölgeleri arasında; pertusis toksin geni (ptxA-Pr), insersiyon sekans genleri (IS481 ve IS1001), adenilat siklaz geni, yapısal genlerden porin ve flajellin geni yer almaktadır. Bu araştırmada, ptxA-Pr ve IS481 gen bölgelerine özgül primerlerin kullanıldığı bir “in-house” PCR tanı yönteminin geliştirilmesi ve optimizasyonu amaçlanmıştır. Çalışmada, ptxA-Pr genine özgül PTp1/PTp2 primerleri ve IS481 genine özgül PIp1/PIp2 primerleri ve çeşitli standart bakteri suşlarının DNA’ları kullanılarak bir “in-house” PCR yöntemi geliştirilmiştir. Sağlıklı 45 bireyden alınan boğaz sürüntüsü ile azalan konsantrasyonlarda B.pertussis standart bakteri suşu karıştırılmak suretiyle oluşturulan “temsili nitelikte klinik örnekler” ile yöntemin duyarlılığı ve özgüllüğü test edilmiş ve optimizasyon yapılmıştır. PTp1/PTp2 primerlerinin kullanıldığı “in-house” PCR yönteminin özgüllüğünün yüksek, duyarlılığının ise düşük [34.4 cfu/Rm (koloni oluşturan ünite/reaksiyon karışımı)] olduğu görülmüştür. PIp1/PIp2 primerlerinin kullanıldığı “in-house” PCR yönteminin ise B.pertussis ile B.bronchiseptica arasında çapraz reaksiyon vermesi nedeniyle özgüllüğünün düşük olmasına rağmen, yüksek duyarlılık (1.12 cfu/Rm) gösterdiği tespit edilmiştir. Temsili nitelikteki klinik örnekler ile yapılan “in-house” PCR denemelerinden de benzer sonuçlar elde edilmiştir. Ayrıca yaptığımız eş zamanlı kültür çalışmasında, yöntemin B.pertussis saptama duyarlılığı 2 x $10^ 3$ cfu/ml olarak saptanmıştır. Çalışmamızda, IS481 genini hedef alan PCR’nin duyarlılığı yüksek bulunurken, ptxA-Pr genini hedef alan PCR’nin özgüllüğü yüksek bulunmuş; bu nedenle boğmacanın moleküler tanısında, IS481’i hedef alan PCR ile ön tanı konulması, ptxA-Pr’yi hedef alan PCR’nin de konfirmasyon amaçlı kullanılmasının uygun olacağı kanısına varılmıştır.