Bazı protein ve enzim çözeltilerinde NMR rölaksasyon zamanlarını modüle eden ilgi zamanlarının T1/T2 oranı kullanımı yoluyla belirlenmesi

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorYılmaz, Ali
dc.contributor.authorZengin, Bilgin
dc.date.accessioned2016-05-11T07:22:10Z
dc.date.available2016-05-11T07:22:10Z
dc.date.issued2016
dc.date.submitted2012-09-28
dc.departmentDicle Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fizik Anabilim Dalıen_US
dc.description.abstractBu çalışmada, Hemoglobin ve üç enzim (Pepsin, Proteaz ve ? -chymotrypsin) çözeltisinin H2O’ daki 1/T1 (spin-örgü) ve 1/T2 (spin-spin) rölaksasyon oranları 64 MHz (1.5 Tesla) MR pektrometresi kullanılarak oda sıcaklığında konsantrasyona karşı incelendi. Hemoglobinin D2O ve H2O/D2O (0.1ml H2O+0.9ml D2O) çözeltilerindeki rölaksasyon oranları ayrıca 400 MHz (9.4 Tesla) NMR spektrometresiyle konsantrasyona ve sıcaklığa karşı incelendi. 64 MHz’ deki 1/T1 ve 1/T2 rölaksasyon oranları, Hemoglobin ve enzim konsantrasyonuyla lineer olarak artmaktadır. 400 MHz’ de belirlenen 1/T1 ve 1/T2 de Hemoglobin konsantrasyonuyla lineer olarak artmaktadır. 400 MHz’ de Hemoglobin çözeltisinin sıcaklık bağlılığı, 1/T1 ve 1/T2 rölaksasyon oranlarının sıcaklık artışıyla lineer olarak arttığını gösterdi. Rölaksasyon mekanizmasını modüle eden ilgi zamanı (? ) bu tezde türetilen teori kullanılarak, yüksek manyetik alan (9.4 Tesla) ve düşük manyetik alan (1.5 Tesla) için hesaplandı. 64 MHz’ deki ? değerleri; Hemoglobin için 2.0017ns, Pepsin için 5.3225ns, Proteaz için 2.2865ns ve ? -chymotrypsin için 3.8398ns olmaktadır. Buna ilaveten, Hemoglobinin D2O ve H2O/D2O çözeltileri için 400 MHz’ deki ? değerleri sırasıyla 1.22ns ve 1.27ns olmaktadır. Tezde elde edilen veriler; protein ve enzimler küresel simetrik kabul edildiği zaman, T1/T2 rölaksasyon oranlarının ? değerlerinin doğru hesabı için kullanılabileceğini gösterdi. Protein ve enzimler için elde edilen sonuçlar; rölaksasyon oranlarına moleküler takla tarafından modüle edilen dipolar etkileşmenin neden olduğunu önermektedir. Serbest ve bağlı su arasındaki protonların hızlı kimyasal değiş tokuşu da sürece katılmaktadır. Anahtar Kelimeler: 1/T1 spin-örgü rölaksasyon oranı, 1/T2 spin-spin rölaksasyon oranı, 64 MHz MR, 400 MHz NMR, ? ilgi zamanı, dipolar etkileşme, hemoglobin, pepsin, proteaz, ? -chymotrypsin
dc.description.abstractIn the present work, using 64 MHz (1.5 Tesla) MR spectrometer, 1/T1 (Spin-Lattice) and 1/T2 (Spin-Spin) Relaxation rates in H2O of solutions of Hemoglobin and three enzymes (Pepsin, Protease and ?-chymotrypsin) were investigated versus concentration at room temperature. The relaxation rates in the D2O and H2O/D2O (0.1ml H2O+0.9ml D2O) solutions of Hemoglobin were also studied versus concentration and temperature at 400 MHz (9.4 Tesla) NMR spectrometer. The 1/T1 and 1/T2 relaxation rates at 64 MHz increase linearly with concentrations of Hemoglobin and the enzymes. The 1/T1 and 1/T2 determined at 400 MHz also increase linearly with concentration of Hemoglobin. The temperature dependence of the Hemoglobin solution at 400 MHz showed that 1/T1 and 1/T2 relaxation rates increase linearly when the temperature increases. The correlation time (? ) modulating relaxation mechanism was calculated for each of high magnetic field (9.4 Tesla) and low magnetic field (1.5 Tesla) by using theory derived in this thesis. The ? values at 64 MHz were 2.0017ns for Hemoglobin, 5.3225ns for Pepsin, 2.2865ns for Protease and 3.8398ns for ?-chymotrypsin. In addition, the ? values for D2O and H2O/D2O solutions of Hemoglobin at 400 MHz were 1.22ns and 1.27ns, respectively. The data showed that T1/T2 relaxation rates can be used for the accurate calculation of ? values when proteins and enzymes were assumed to be spherically symmetrical. The present results obtained for protein and enzymes suggest that the relaxation rates are caused by dipolar interaction modulated by molecular tumbling. The fast chemical exchange of protons between free and bound water is also involved in the process. Keywords: 1/T1 spin-lattice relaxation rate, 1/T2 spin-spin relaxation rate, 64 MHz MR, 400 MHz NMR, ? correlation time, dipolar interaction, hemoglobin, pepsin, protease, ? -chymotrypsin.
dc.description.sponsorshipBu tez Dicle Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü (DÜBAP) tarafından DÜBAP-07-02-01 nolu proje kapsamında desteklenmiştir.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11468/1920
dc.institutionauthorZengin, Bilgin
dc.language.isotren_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subject1/T1 spin-örgü rölaksasyon oranıen_US
dc.subject1/T1 spin-lattice relaxation rateen_US
dc.subject1/T2 spin-spin rölaksasyon oranıen_US
dc.subject1/T2 spin-spin relaxation rateen_US
dc.subject64 MHz MRen_US
dc.subject400 MHz NMRen_US
dc.subjectDipolar etkileşmeen_US
dc.subjectDipolar interactionen_US
dc.subjectHemoglobinen_US
dc.subjectPepsinen_US
dc.subjectProteazen_US
dc.titleBazı protein ve enzim çözeltilerinde NMR rölaksasyon zamanlarını modüle eden ilgi zamanlarının T1/T2 oranı kullanımı yoluyla belirlenmesien_US
dc.typeDoctoral Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Bazı protein ve enzim çözeltilerinde NMR rölaksasyon zamanlarını modüle eden ilgi zamanlarının T1T2 oranı kullanımı yoluyla belirlenmesi.pdf
Boyut:
2.41 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
[ X ]
İsim:
license.txt
Boyut:
1.71 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tezler