Molecular docking studies of cox inhibitors on wild-type ras
Yükleniyor...
Tarih
2022
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Objective: In addition to its role in the formation mechanism of inflammation, the binding potential of COX inhibitors, which can inhibit tumorogenesis by induce apoptosis, has been explored by molecular docking studies on wild-type RAS enzyme. Material and Method: KRAS enzyme (PDB ID: 4OBE), which consists is obtained by the x-ray crystallization method, was chosed considering the resolution. The 2D structures of ligand molecules were drawn in the ChemDraw 19.1. The MOE 2020 program was used to form the docking studies. Result and Discussion: As a result of docking studies, it has been understood that the presence of aromatic structures in 3a and 3b ligand molecules is critical for ligand-receptor interaction. it has been understood that there must be a certain distance between the carbonyl group and the nonpolar part of the molecule for the molecule to bind to the receptor site with a high affinity. In the following stages, more effective anticancer drug molecules can be obtained by design molecules with an appropriate diameter and length, having functional groups containing the suitable electron donor or acceptor.
Amaç: Inflamasyon oluşum mekanizmasındaki rolünün yanı sıra apoptoz oluşumunu tetikleyerek tümorogenesisi inhibe edebilen COX inhibitörlerinin yabani-tip RAS enzimi üzerinde moleküler doking çalışmaları ile bağlanma potansiyelleri araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: X-ışını kristalizasyon yöntemi ile elde edilen KRAS enzimi (PDB kodu: 4OBE) çözünürlük dikkate alınarak seçilmiştir.Ligand moleküllerinin 2 boyutlu yapıları ChemDraw 19.1'de çizilmiştir. Doking çalışmaları için MOE 2020 programı kullanılmıştır. Sonuç ve Tartışma: Docking çalışmaları sonucunda 3a ve 3b ligand moleküllerinde aromatik yapıların varlığının ligand-reseptör etkileşimi için kritik olduğu anlaşılmıştır. Molekülün reseptör bölgesine yüksek afinite ile bağlanabilmesi için karbonil grubu ile molekülün polar olmayan kısmı arasında belirli bir mesafe olması gerektiği anlaşılmıştır. İlerleyen aşamalarda uygun elektron verici veya alıcı içeren fonksiyonel gruplara sahip uygun çap ve uzunlukta moleküller tasarlanarak daha etkili antikanser ilaç molekülleri elde edilebilir.
Amaç: Inflamasyon oluşum mekanizmasındaki rolünün yanı sıra apoptoz oluşumunu tetikleyerek tümorogenesisi inhibe edebilen COX inhibitörlerinin yabani-tip RAS enzimi üzerinde moleküler doking çalışmaları ile bağlanma potansiyelleri araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: X-ışını kristalizasyon yöntemi ile elde edilen KRAS enzimi (PDB kodu: 4OBE) çözünürlük dikkate alınarak seçilmiştir.Ligand moleküllerinin 2 boyutlu yapıları ChemDraw 19.1'de çizilmiştir. Doking çalışmaları için MOE 2020 programı kullanılmıştır. Sonuç ve Tartışma: Docking çalışmaları sonucunda 3a ve 3b ligand moleküllerinde aromatik yapıların varlığının ligand-reseptör etkileşimi için kritik olduğu anlaşılmıştır. Molekülün reseptör bölgesine yüksek afinite ile bağlanabilmesi için karbonil grubu ile molekülün polar olmayan kısmı arasında belirli bir mesafe olması gerektiği anlaşılmıştır. İlerleyen aşamalarda uygun elektron verici veya alıcı içeren fonksiyonel gruplara sahip uygun çap ve uzunlukta moleküller tasarlanarak daha etkili antikanser ilaç molekülleri elde edilebilir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
RAS, COX inhibitors, Docking, MOE, Binding affinity, Doking, Bağlanma afinitesi
Kaynak
Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Q3
Cilt
46
Sayı
1
Künye
Konyar, D., Okur, H. ve Arslan, Z. (2022). Molecular docking studies of cox inhibitors on wild-type ras. Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Dergisi, 46(1), 23-34.
