Kan kültürlerinde üreyen gram-pozitif kokların tanımlanması ve mecA ve van genlerinin saptanmasında hızlı Genotip testinin değerlendirilmesi

Sepsisli hastaların kan kültürlerinde üreyen bakteriyel patojenlerin hızlı ve doğru olarak tanımlanması, uygun tedaviye erken dönemde başlanması ve dolayısıyla morbidite ve mortalitenin azalması açısından büyük önem taşımaktadır. Günümüzde kullanılan otomatize kan kültür sistemleri, bakterilerin tespit edilme zamanını kısaltmış olsa da, optimum tedaviye yönlenmek için daha hızlı tanımlama sistemlerine gereksinim duyulmaktadır. Son yıllarda geliştirilen “genotip teknolojisi”, biyotinlenmiş primerlerle DNA’nın multipleks amplifikasyonunu takiben membrana bağlı problar kullanılarak hibridizasyona dayalı, sepsisin hızlı tanısı için kullanılan genetik bir testtir. Bu çalışmada, kan kültürlerinde üreyen gram-pozitif kokların tanımlanması ve mecA ve van gen varlığının hızlı tespitinde “Genotype® BC grampositive” testinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. DNA•STRIP® teknolojisine dayalı olan bu test, 17 gram-pozitif bakteri türünü tanımlayabilmekte ve eş zamanlı olarak metisilin ve vankomisin direncinde etkin olan genleri de (mecA ve vanA, vanB, vanC1, vanC2/C3) aynı aşamada belirleyebilmektedir. Çalışmaya, BACTECTM Plus/F (Becton Dickinson, ABD) aerobik ve pediatrik kan kültür şişelerinde üreme saptanan 55 kan kültürü dahil edilmiştir. Gram-pozitif kok morfolojisi görülen şişelerde üreyen bakterilerin tanımlanmasında “Genotype® BC grampositive” (Hain Life Science, Almanya) test kiti kullanılmıştır. İzolatlar aynı zamanda Phoenix PMIC/ID Panel (Becton Dickinson, ABD) ile de tanımlanmış ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenmiştir. Çalışmamızda, Phoenix ile 55 kan kültürü izolatının 17’si Staphylococcus epidermidis [tümü metisiline dirençli (MR)], dokuzu S.aureus (biri MR),18’i S.hominis (10’u MR), dördü E.faecalis, üçü E.faecium (biri vankomisine dirençli), ikisi S.saprophyticus (biri MR), biri S. warneri ve biri S.haemolyticus olarak tanımlanmıştır. Genotype® BC testi ile elde edilen sonuçlara göre, 46 (%83.6) örneğin Phoenix sistemi ile tam uyumlu olarak tanımlandığı izlenmiştir. Phoenix ile S.saprophyticus olarak tanımlanan iki örnekte Genotype® BC testi sadece mecA genini saptamış, kit panelinde yer almadığından bu suş tür düzeyinde tanımlanamamıştır. Buna karşın Genotype® BC, Phoenix ile metisilin direncinin tespit edilemediği beş örnekte mecA genini tespit etmiş; beş örnekte ise otomatize sistemle saptanamayan karışık üremeleri saptayabilmiştir. Ayrıca vanA geni taşıyan bir E.faecium izolatı Genotype® BC ile doğru bir şekilde ayırt edilebilmiştir. Sonuç olarak “Genotype® BC gram-positive” kan kültür testinin, pozitif kan kültür şişelerinden direkt olarak önemli gram-pozitif sepsis patojenlerini ve mecA ve van genlerini hızlı ve güvenilir bir şekilde saptayabildiği; polimikrobiyal enfeksiyonların belirlenmesinde üstünlük gösterdiği belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda sepsis düşünülen hastalarda DNA strip teknolojisine dayalı bu hızlı testin rutin olarak kullanılmasının klinik tanıya katkı sağlayacağı düşünülmüştür.